1、江苏省人民医院(南京医科大学第一附属医院、江苏省红十字医院)
2、南京医科大学第二附属医院
3、江苏省中医院
4、江苏省第二中医院
5、江苏省中西医结合医院
6、江苏省肿瘤医院
7、江苏省级机关医院
8、江苏省口腔医院
9、中国医学科学院皮肤病研究所
10、东南大学附属中大医院（原南京铁道医学院）
11、南京军区南京总医院
12、中国人民解放军第八一医院
13、中国人民解放军第四五四医院
（以上为三级医院，或相应规模医院）
14、武警江苏总队南京医院
二、市属医院
1、南京市鼓楼医院（南京大学医学院附属第一医院）
2、南京市第一医院（南京医科大学附属南京第一医院）
3、南京市第二医院
4、南京脑科医院
5、南京市妇幼保健院
6、南京市儿童医院
7、南京市中医院
8、南京市口腔医院
9、南京市胸科医院
（以上为三级医院，或相应规模医院）
尤其推荐这么几家：
南京军区南京总医院，
鼓楼医院，
省人民医院，
省中医院，
市第一医院，
中大医院
南京有5家肛肠医院，都很好。1、南京鼓楼医院
又是南京大学医学院附属鼓楼医院，创建于1892年，已经具有128年历史，目前为集医教研为一体的大型综合性三级甲等医院，也是全国较早的西医院之一。
2、江苏省人民医院，暨南京医科大学第一附属医院、江苏省临床医学研究院、江苏省红十字医院。江苏省妇幼保健院作为江苏省人民医院妇幼分院，实行一体化管理。
江苏省人民医院前身为1936年成立的江苏省立医政学院附设诊疗所。医院是江苏省属三级甲等综合性医院，担负着医疗、教学、科研、公益四项中心任务。
3、江苏省中医院（南京中医药大学附属医院）
创建于1954年10月，为全国首批成立的省级中医医院之一，首任院长叶橘泉为中科院学部委员。建院60多年来，
为适应社会需求，医院不断提高重危及疑难病症的诊治能力，加强中西医结合工作，综合实力显著增强，学术水平和诊疗能力不断提升，持续保持在全国中医系统的领先地位，现已成为全国著名具有浓厚文化底蕴的大型综合性三级甲等中医院。
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