根据不同标准，毛囊炎分为不同类型。
金黄色葡萄球菌性毛囊炎
最为常见，通常是金黄色葡萄球菌感染毛囊引起。正常皮肤表面就存在葡萄球菌，当皮肤发生微小创伤时，皮肤表面这类细菌进入皮肤引起毛囊感染。毛囊炎表现为以毛囊为中心的的红色丘疹，有时顶端有白色脓疱。
革兰阴性菌性毛囊炎
铜绿假单胞菌是一种常见的革兰阴性菌。由于热水浴缸或游泳池中的卫生条件不佳（氯、溴或 pH值不正常），导致里面的水可能存在过多铜绿假单胞菌，一旦感染，患者会发生革兰阴性菌性毛囊炎，故而国外也叫这种毛囊炎为“热水浴毛囊炎”。
引起革兰阴性菌性毛囊炎的其他细菌还有克雷伯菌、肠杆菌和变形杆菌。长期口服抗生素治疗痤疮的患者也容易出现这类革兰阴性菌性毛囊炎，需要注意。
须部毛囊炎
也叫做须疮，表现为胡须区的多发小脓疱，一般与剃须引起毛囊损伤和感染有关系，严重的须疮可能会出现瘢痕。
秃发性毛囊炎
常见于青壮年人群，是头皮的一种深在重症或慢性的毛囊炎。由于炎症彻底破坏了毛囊结构，毛囊炎愈合之后遗留圆形或椭圆形的瘢痕，局部再无毛发生长。有时秃发性毛囊炎也发生在胡须部、腋毛和阴毛等区域。
瘢痕疙瘩样毛囊炎
主要发生在中青年男性的枕部和颈项部，慢性、反复出现以毛囊为中心的丘疹、脓疱，愈合后成硬结，像瘢痕疙瘩。
马拉色菌毛囊炎
马拉色菌是一种存在于正常皮肤的真菌，有时可以引起马拉色菌毛囊炎，主要发生在胸、背等部位，表现为孤立分布的众多红色丘疹。
皮肤癣菌性毛囊炎
真菌中的皮肤癣菌（包括毛癣菌、表皮癣菌和小孢子菌）也可以引起皮肤癣菌性毛囊炎，根据部位可以分为头癣和须癣。头癣是头皮感染皮肤癣菌，须癣是胡须区感染皮肤癣菌。有时候体癣、股癣和足癣也可能伴随有皮肤癣菌性毛囊炎的表现。
蠕形螨毛囊炎
蠕形螨俗称毛囊虫，是正常毛囊皮脂腺常见寄生虫，有时候会引起蠕形螨毛囊炎，表现为面部丘疹和脓疱。
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