两者不是同一种植物。并且两者不光在来源菌种上不同，还在颜色、有无对于含量的规定、对应的制剂、有无规定原料药的用法用量这些方面上有所区别。
1、来源菌种不同。发酵虫草菌粉来源于一种叫虫草菌-蝙蝠蛾拟青霉的菌种，而发酵冬虫夏草菌来源于一种叫麦角菌科真菌冬虫夏草的无性世代——中华被毛孢的菌种。
2、颜色不同。发酵虫草菌粉是浅棕褐色的粉末，而发酵冬虫夏草菌是灰色至灰黄色的粉末。
3、在有无对于含量的规定这点上不同。对发酵虫草菌粉没有规定，而对发酵冬虫夏草菌有规定，规定含腺苷不得少于0.08%。
4、对应的制剂不同。发酵虫草菌粉对应的制剂为金水宝片､金水宝胶囊，而发酵冬虫夏草菌粉对应的制剂有百令片､百令颗粒､百令胶囊。
5、在有无规定原料药的用法用量这点上不同。发酵冬虫夏草菌粉规定口服，每次1~3g，每日3次。而对于发酵虫草菌粉，未规定原料药的用法用量｡
蝙蝠蛾拟青霉是Paecilomyces属的微生物，原产地为中国，主要作用为研究，具体用途为虫草属无性世代真菌研究。
蝙蝠蛾拟青霉菌丝体与冬虫夏草的指纹谱更相似，另外根据《蝙蝠蛾拟青霉菌与冬虫夏草关系的分子系统学研究》显示，冬虫夏草和僵虫基因组DNA模板与蝙蝠蛾拟青霉的rDNA-ITS序列具有100%的一致性。
基本介绍
冬虫夏草是一种真菌，从中分离出的菌株也不止一种，中国中医科学院中药研究所于从云南迪庆藏族自治州采集的冬虫夏草样品（昆虫为虫草蝙蝠蛾的幼虫）上分离获得10多个菌株，并对其中4个菌株进行了培养和形态学研究，经鉴定命名为蝙蝠蛾拟青霉。
该蝙蝠蛾拟青霉菌种不仅在云南发现，中国医学药物研究所从青海化隆采集的新鲜冬虫夏草中分离得到Cs-4菌株，经鉴定是蝙蝠蛾拟青霉。
蝙蝠蛾拟青霉菌丝体是采用现代高科技生物技术，利用新鲜冬虫夏草从中分离所得虫草菌蝙蝠蛾拟青霉菌株，隶属丛梗孢科瓶梗青霉属真菌这些菌株当中，其蝙蝠蛾拟青霉菌丝体被国家食品药品监督局批准的可用于保健食品的真菌菌种。
应该很不容易种植的人工冬虫夏草近年来随着生态环境进一步恶化，而人民的生活水平提高对养生保健的需求也越来越大，野生冬虫夏草产量减少，需求增加，使原本就昂贵的野生冬虫夏草价格连年翻番，更使得普通人可望不可即。 1972年，中国医学科学院药物研究所用现代科学方法突破了培育冬虫复草的重大课题，从青海产的新鲜冬虫夏草中分离出Cs-4菌株，再经人工发酵培养制成“冬虫夏草菌丝粉’。冬虫夏草人工培养在1987年取得突破，发酵虫草菌丝粉及其制剂成为中药一类新药，并于2000年载入国家药典。科研人员经过多年研发，利用生物分离技术从天然冬虫夏草提取高活性菌株，在液体培养基里进行接种、培养，使虫草菌丝体大量生长（发酵），再经过浓缩、分离、干燥、过筛、消毒、灌装等工艺，就得到了冬虫夏草发酵菌丝产品，比较知名的有金沛草网的冬虫夏草菌丝粉胶囊。采用现代分析仪器和临床试验对天然发酵冬虫夏草菌丝体与野生冬虫夏草进行对比，其在化学成分和功效上并无本质区别，但生产成本大大降低，使一般工薪阶层都能消费得起，这不能不说是对人类健康的一大贡献。
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