功能性低聚糖益生元有很多，也是最常见的益生元，如低聚半乳糖、低聚果糖、低聚异麦芽糖、低聚木糖、低聚乳果糖、乳酮糖、大豆低聚糖、棉籽糖等。
此外，多糖（如螺旋藻、节旋藻、云芝多糖、胡萝含氮多糖等）、蛋白质水解物（如酪蛋白的水解物、α-乳清蛋白、 乳铁蛋白等）以及一些天然植物的提取物等也能作为益生元使用。
在婴幼儿配方奶粉中，“益生元”是6项常规强化配方中的一项，还有些奶粉会额外添加“益生元组合”作为特色强化配方。虽然益生元不能被人体消化吸收，但益生元却是“益生菌”的食物，能够被肠道内有益细菌分解吸收，可以促进“益生菌”的生长繁殖。婴幼儿配方奶粉中添加益生元，有助于宝宝消化和吸收奶粉营养，促进肠道健康。
益生元主要包括各种寡糖类物质（Oligosaccharides）或称低聚糖（由2～10个分子单糖组成）。更概括的说法是功能性低聚糖。功能性低聚糖包括低聚异麦芽糖、低聚半乳糖、低聚果糖、低聚乳果糖、乳酮糖、大豆低聚糖、低聚木糖、帕拉金糖、耦合果糖、低聚龙胆糖等，其中，除了低聚龙胆糖无甜味反具有柔和的提神苦味外，其余的均带有程度不一的甜味，可作为功能性甜味剂用来替代或部分替代食品中的蔗糖。迄今为止，已知的功能性低聚糖有1000多种，自然界中只有少数食品中含有天然的功能性低聚糖，例如：洋葱、大蒜、芒壳、天门冬、菊苣根和洋蓟块茎等含有低聚果糖，大豆中含有大豆低聚糖（由水苏糖、棉子糖和蔗糖组成的混合物）。
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