Y染色体含有6千万个碱基对，每遗传一代，大约有600个碱基会发生改变。突变率约为10万分之一。
Y染色体是人类一对性染色体中的一条，另一条是X染色体。人类有23对染色体，其中22对常染色体男女都一样，而性染色体决定性别，女性是XX，男性是XY。Y染色体是祖传父、父传子、子传孙的，因此顺着Y染色体，能找出一个家族的整个父系链条。理论上说，同一个姓的男子，Y染色体都应该是相同的。
线粒体基因组是母系遗传的，但儿女都传，不像Y染色体传男不传女。Y染色体就像父系社会中一个家族的传家宝，只传家族男丁，并在子孙世代之间相传。
Y染色体在父子间流传
但是，一些男权主义者想拿Y染色体给男尊女卑的封建糟粕思想找科学依据，还是醒醒吧。Y染色体在20世纪初才发现，父系社会早在5000年前就形成了，而且Y染色体的自然特性也和父权传统文化相去甚远。
Y染色体的遗传贡献太小
Y染色体上最重要的是SPY基因，该基因能触发雄性发育，对精子合成至关重要。因此，有Y染色体才能成为雄性。但除此之外，Y染色体就没有其他重要功能了，它与性格、智力、外貌等重要的特质统统没有关系。
人类基因组测序现在已经完成，共有20412个编码蛋白的基因，其中Y染色体上只有71个，在基因组中所占比例还不到1%。X染色体比Y大得多，有842个基因，线粒体DNA有13个基因。
人类基因组
22对常染色体的编号是按大小排序的，1号最大，22号最小。X染色体与7号相当，而Y染色体和19、20号差不多大。1号染色体有2058个基因，连22号染色体都有488个基因。
父母基因重组产生子代的时候，双方每人给子女一套常染色体，母亲给子女一条X染色体，父亲给儿子一条Y，给女儿一条X。线粒体位于细胞质内，因此全由母亲提供（精子没有细胞质）。由于常染色体决定了遗传的99.9999%以上，父母对子女的影响大致均等，但还是有细微差异的。
从子女的角度看，由于X染色体大于Y，母亲对儿子的影响大于父亲。只考虑染色体的话，父母对女儿的影响几乎均等。
性染色体遗传示意图
从父母的角度看，母亲给予子女的是均等的，而父亲给女儿的多于给儿子的。这些遗传科学结论，与父权社会中轻视母系传承、重男轻女的传统做法正好相反。
Y染色体可追溯到侏罗纪
距今约1.66亿年前，原始哺乳动物分化为两支：南楔齿兽类和北楔齿兽类，分别是今天原兽亚纲和兽亚纲的祖先。Y染色体在北楔齿兽类中产生，并传给所有兽亚纲成员。沿着Y染色体往上溯源，理论上能一直追溯到恐龙时代的中华侏罗兽，当时人的祖先还远远不是人。
现存哺乳动物除了原兽亚纲的鸭嘴兽和针鼹，都是有Y染色体的。动物没有姓氏可言，但它们的主要财产——领地，却是母系传承的。女儿留在母亲身边继承领地，儿子长大了远走高飞，独自闯荡，雄性通过性选择竞争获取交配权，这才是最贴合自然的模式。而父系传承是人类独有的，是社会发展下统治者私欲的产物，与私有制、阶级的出现相伴随。
中华侏罗兽，北楔齿兽类，科学家亲切地称之为“来自侏罗纪的母亲”，它也是来自侏罗纪的父亲
Y染色体基因检测显示，现存所有人类的最晚共同父系祖先是23.6万年前生活在非洲的一名男子，我们称他为“Y染色体亚当”。而非洲之外的所有人类，均源自6.9万年前中东的一名男子。要是没有基因突变，全球所有男子的Y染色体应该都是相同的。
2003年的一项研究显示，全球约有1600万名男子的Y染色体非常相似，应该都源自12世纪的一名东亚男子，最有可能的就是成吉思汗及其家族。成吉思汗也因此成为古代最成功的“播种者”。
值得注意的是，果蝇的性染色体也叫X和Y，但只是用了相同的名字，和人类的性染色体不是同源的。果蝇的Y比X还大，不参与性别形成，性别取决于X的数量，一条就是雄性，两条就是雌性。
鸭嘴兽是现存唯一一种没有Y染色体的哺乳动物
爬行动物的性别主要决定于孵化温度。而鸟类的性别决定系统和人类正好相反，它们是ZW系统，性染色体是ZZ为雄性，ZW为雌性。
Y染色体突变率极高
通过Y染色体溯源理论上可行，实际上只能用于最近几千到几万年，原因就是它的突变率特别高，每代就能积累两个突变。人类和黑猩猩99%以上的基因都是相同的，但Y染色体却有高达30%的差异。
由于哺乳动物和早期人类都生活在母系群中，没有固定婚配制度，一雌可以与多雄交配，精子活力最强的才能成功受精。因此，Y染色体对哺乳动物和早期人类发展很重要，这使它成为进化最快的染色体。
人类现存最近的亲戚：黑猩猩
此外，在减数分裂产生配子过程中，常染色体会进行同源染色体配对，同源序列进行交换和重组，从而修复突变基因。而Y染色体的同源染色体是X，它们多数基因序列不同，可重组区不足5%，因此Y上发生的突变难以通过重组而修复。
也正因为此，自然选择无法对Y染色体上的单一基因起作用，只能将整条Y作为一个整体去选择，导致选择效率异常低下。有害基因可能搭邻居有益基因的便车保留下来，有益基因也可能被有害基因包围而遭淘汰。因此，Y染色体上的“垃圾基因”是整个基因组中最多的。
最后，Y染色体还特别容易因遗传漂变而随机消失。它在种群中的出现频率只有常染色体的1/4，常染色体是每人有两条，Y是一半的人有一条，因此遗传漂变对Y的作用特别强烈。有名男子的Y可能很优秀，但他生的全是女儿，他的Y也会就此在种群中消失。
Y染色体主要单倍群的扩散
所以说，Y染色体在子子孙孙之间代代相传只是理想状态，现实中由于它的高突变率，用不了多少代就会面目全非。现代人类的Y染色体有近30个单倍群，每个单倍群都有几百甚至几千个变异型。
Y染色体终将消失
Y染色体产生之初有1400多个基因，现在已经失去了其中的95%，仅剩下71个。这主要是因为，其他染色体因突变而损伤的基因可以从同源染色体那里拷贝一份，而Y是单个的，损伤了的基因只能消失。在漫长的演化过程中，其他染色体正在越来越多地接管Y的基因和功能。Y染色体终将消失。
不过，Y染色体在诞生之初下滑很快，后期就越来越慢，现在已经进入停滞状态。700万年前人和黑猩猩分化以来，Y染色体上就没有丢失过基因了，而近2500万年只丢失了一个基因。专家预测，人类Y染色体已经走完了其生命的2/3历程，将于8000万年后完全消失，在那之后将产生新的性别决定系统。
鼹形田鼠
一些啮齿动物已经完成了这一进化，如裔鼠和鼹形田鼠，它们的Y染色体和SPY基因基因已经完全消失了，Y染色体上的部分基因已经重新转移到X染色体上了。两性的裔鼠性染色体都是XO，而鼹形田鼠都是XX。
综上所述，Y染色体和姓氏、祖产在父系传承上的一致性只是一种巧合。Y染色体对遗传的贡献很小，突变率高，而且是未来将消失的东西。科学家利用Y染色体进行父系溯源是很有用的，有人想试图以此来说明父权的合理性，注定站不住脚。
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