病毒经由口鼻、结膜等途径进入猫的身体，进而引发鼻黏膜上皮细胞的裂解性感染，并借此传播至结膜、咽喉、气管、支气管及小支气管，病灶为局部多发性坏死性（嗜中性粒细胞浸润）及发炎性病灶，曾有报道指出可能会发生短暂的病毒血症，特别是新生儿或低体温的幼猫，因为猫疱疹病毒喜欢在较低温度状况下进行复制。于感染24h之后开始排放病毒，并持续1-3周，急性发病会在10-14d内得到缓解，有些则会形成上呼吸道及眼睛的慢性病灶。
病毒沿着感觉神经散播并且到达神经原元，特别是在三叉神经神经节内，此处就是主要潜伏感染的部位，几乎所有的感染猫成为终生带毒。目前并没有简单的检验方式可以来测得此潜伏状态，因为病毒的基因会存在感染的神经元细胞核内，并且不进行复制，约有70%的感染猫可经由类固醇的投药而诱发病毒再活化及排毒，其他可能诱发病毒再活化的紧迫因子包括有泌乳(40%)、环境转换(18%)。
有些成猫可能会在病毒再活化的时期形成病灶，因为病毒再活化而形成的疾病我们比较喜欢称为复发( recrudescence)。结膜炎可能会伴随发生角膜溃疡，可能形成慢性角膜腐骨病灶，基质性角膜炎(stromal keratitis)是一种继发性免疫介导性反应，因为病毒会存在角膜上皮细胞或基质内。急性病例若造成鼻甲骨的伤害，就容易使得有些猫咪形成慢性鼻炎 。
初乳的被动免疫
由初乳而来的移行抗体可以在生命开始的最初几周保护幼猫抵抗疾病的感染，这样的移行抗体可能可以持续长达10周，但在某些研究则发现约有25%的幼猫在6周龄时就已经没有移行抗体了 。
主动免疫反应
自然感染的猫疱疹病毒并不会像猫瘟一样引发所谓的牢固免疫(solid im-munity)， 所以所引发的免疫反应只能对抗疾病，而无法对抗感染，所以在感染150 d之后再度感染疱疹病毒时，仍可观察到轻微的临床症状。病毒中和抗体滴度通常低且爬升慢，有些甚至在感染40 d之后仍未出现，这有可能是因为病毒中和抗体在急性感染期中和了入侵的病毒及消耗于抗体依赖型细胞介导的细胞毒性作用(antibody-dependent cellularcytotoxicity)与抗体诱发性补体细胞溶解作用(antibody-induced complementlysis)中。
就跟其他阿尔法疱疹病毒（alphaherpesvirus）一样，细胞介导性免疫作用在保护上扮演着非常重要的角色，所以打过预防针的猫就算检测不到抗体，也未必能就据此认为它容易罹患此疾病，因为它可能还有细胞介导性免疫作用在保护着。相对地，血清转化作用( seroconversion)己被认为能提供攻毒时的保护作用，在这些病例中，猫疱疹病毒抗体就像扮演着细胞介导性免疫反应的指标一样，因为要维持B淋巴细胞产生抗体的功能时，是需要T淋巴细胞的（细胞介导性免疫反应），意思就是说，如果有抗体的存在时，就表示会有T淋巴细胞的存在，就是细胞介导性免疫反应的存在，而且因为猫疱疹病毒是一种呼吸道的病原，所以此处会有活跃的细胞免疫及液体免疫反应。
虽然猫疱疹病毒抗体与保护猫咪不发生临床症状之间有相关性存在，但并无可用的检验方式来预测个别猫咪的保护状况。
主要引发急性上呼吸道疾病及眼睛疾病，在年轻幼猫会特别严重，常常会造成黏膜表面的糜烂及溃疡、鼻炎及结膜炎，偶尔也会出现被认为具有诊断特异性的角膜树突状溃疡病灶。
典型的临床症状包括有发烧、沉郁、厌食、浆液样或浆液血色漾( serosanguineous)眼睛及鼻分泌物、结膜充血、打喷嚏及较少见的流涎及咳嗽，常见继发性的细菌感染，分泌物就会呈现脓样，容易罹患猫疱疹病毒的幼猫也可能造成原发性肺炎及病毒血症，继而引发全身性症状及死亡。
其他较少见的临床症状还有口腔及皮肤的溃疡、皮肤炎及神经症状，与其他疱疹病毒相比较，猫疱疹病毒感染很少会直接引发流产。
当病毒再活化之后（再复发），有些猫会呈现如上所述的急性细胞溶解性疾病（acute cytolytic disease），有些则进展成慢性的眼睛免疫介导性疾病，实验已经证实伴随角膜水肿、炎症细胞浸润、新生血管形成及最终导致失明的基质性角膜炎( stromal keratitis)就是这样的致病机理。
角膜腐骨( corneal sequestra)及嗜酸性粒细胞性角膜炎曾在角膜及/或血液中发现到猫疱疹病毒，认为有其关联性，但仍有些病例是呈现病毒阴性的。与健康猫相比较，有较多比例罹患葡萄膜炎的猫咪可以在眼房中水检测到猫疱疹病毒的DNA，似乎暗示着猫疱疹病毒可能会引发葡萄膜的发炎。
慢性鼻窦炎经常是打喷嚏及鼻分泌物的病因，也被认为与猫疱疹病毒的感染有关，在某些病例可以检测到病毒DNA，但对照组也一样能检测到，所以疱疹病毒在这样的病例中并没有进行病毒复制，暗示着最初是由于猫疱疹病毒的感染所造成，但后续接手的却是免疫介导性的致病机理，会引发炎症反应及组织构造的破坏与重建，然后导致鼻甲骨及鼻骨的永久性伤害，并且会并发继发性的细菌感染。
猫疱疹病毒也常常与其他病原一起感染而造成多病原性呼吸道症候群(multi-agent respiratory syndrome)，包括有杯状病毒、衣原体、Bordetella bronchiseptica（支气管败血波氏杆菌）、葡萄球菌及大肠杆菌
病毒及抗原的侦测
一般还是最喜欢采用PCR来检测病毒，而病毒分离仍然是检测猫疱疹病毒感染最准确的检验方式，但较耗时 。
核酸的侦测
传统PCR、巢式PCR及即时PCR现今己常规使用于检测结膜、角膜或口咽棉棒采样、角膜刮搔、眼房水、角膜腐骨、血液或活检病材中是否有猫疱疹病毒DNA的存在，大部分的引子(primer)设计是以胸苷激酶基因高度保守片段作为引子。分子生物学的检验似乎比病毒分离或间接荧光抗体染色来得较为敏感。
因为就算是非常微量的病毒核酸也能被PCR所检测到，但不一定与疾病有关，所以PCR的阳性结果必须要非常小心判读，即使在病毒非增殖性感染的状况下仍有可能在角膜或扁桃腺的刮搔物中检测到病毒DNA，因此它的诊断价值可能是很差的，也是因为采样样本的不同就可能会有不同的结果，例如角膜的刮搔及活检样本比结膜的样本较常呈现阳性，另外族群的差异也会影响，例如收容所的猫咪就比家庭饲养的猫咪容易呈现阳性结果。
再者，近期之内接种活毒疫苗的猫咪，是否有可能让PCR检测到疫苗中病毒的DNA，这仍未明了，如果真是如此，那接种后的弱毒活毒病毒的DNA到底会存在身体内多久的时间也不得而知。
PCR的阳性结果可能代表着及少量病毒的排放或病毒的潜伏感染，也未必就代表着现在的临床症状就是猫疱疹病毒所引发的，但当使用的是定量的即时PCR时，检测到的病毒浓度就可以提供更进一步的资讯，如果鼻分泌物或眼泪中呈现高病毒浓度时，就表示病毒复制活跃，且与临床症状有关，如果浓度低时，就代表潜伏感染 。
病毒分离
病毒分离不似PCR那般敏感，但能确切反映出具有增殖能力的病毒存在，而不是只检测病毒DNA而己，也可同时检测是否有猫杯状病毒。
在猫疱疹病毒初次感染时，很容易从鼻子、结膜及咽喉的棉棒采样或刮骚样本或死后的肺脏样本中分离到病毒，但一旦确认为慢性感染时，就较难分离到病毒。
无症状的带毒猫或许可以来进行病毒分离，但无论结果是阳性或阴性，都不太具有诊断意义。用来进行病毒分离的样本必须在进行荧光染色或rose bengal（玫瑰红）染色之前采集样本，采得的样本应该迅速地送交实验室，或者在冷藏的状况下寄送。尽管病毒分离对于初次急性感染有诊断意义，但在逻辑的观点下，是很少运用于临床诊疗上的 。
免疫荧光抗体染色
可以使用荧光抗体染色法来检测结膜或角膜的抹片上或者活检样本上有无猫疱疹病毒特异性蛋白质的存在，与病毒分离一样，应该在眼睛荧光染色之前进行采样，否则会出现伪阳性。免疫荧光抗体染色的敏感性是不如病毒分离及PCR的，特别是慢性感染的病例。
对于临床兽医师而言，PCR的检验是比较方便的，因为他不会受到眼睛荧光染色的影响，而且样本只要常温运送即可，另外，也可以同时检测其他的猫呼吸道及眼睛的病原，特别是猫衣原体及较不可信的猫杯状病毒 。
抗体侦测
可以借由血清中和试验或酶免疫标定法( ELISA)来检测血清、眼房水及脑脊髓液中的猫疱疹病毒抗体。主要因为自然感染及疫苗接种的原因，所以猫的血清阳性比率是高的，并且，抗体的出现并不与疾病及活动性感染呈正相关，而且也无法区别抗体到底是因为疫苗接种而产生的还是因为感染所致。中和抗体会在初次感染20之后出现，而且不论急性感染或慢性感染，其抗体滴度可能都是低的，所以血清学的检查在诊断上的意义就不大了 。
支持疗法
严重感染的猫咪可能会因为进食不足及流涎而造成钾离子及碳酸氢盐的流失，所以最好经由静脉输液来让患畜纠正脱水、矫正离子及酸碱平衡。进食对猫咪很多疾病而言都是非常重要的，很多猫咪不
吃是因为嗅觉的丧失及口腔的溃疡，应该给予适口性佳的食物，并且适当地加温及翻搅来增加猫咪的进食欲望，也可以给予食欲促进剂，如cyproheptadine（赛庚定），如果猫咪超过3d仍然不主动进食时，就建议放置喂食管。
所有急性感染的病例都建议给予呼吸道穿透性良好的广效性抗生素来预防继发性细菌感染。鼻腔的分泌物应该以生理盐水来清理干净，并且涂上凡士林药膏来避免分泌物黏附在鼻孔周围上，也可以给予一些黏液溶解性药物，如bromhexine（溴己新），眼睛则给予不含类固醇的抗生素眼药水或眼药膏，每天数次，雾化治疗可以增加分泌物的溶解及维持呼吸道的湿度 。
抗病毒治疗
L-Iysine（左旋赖氨酸）500 mg/cat（幼猫250 mg）bid po可混在食物同服；
有报道指出famciclovir（泛昔洛韦）30 mg/kg bid po，实验组患猫症状有明显改善，未见明显副作用，可一直服用到症状有改善
猫疱疹病毒感染途径
病毒会出现于病畜的鼻、眼及喉咙的分泌物中，但大部份是经由鼻子的接触或打喷嚏而传染，这种传播方式的距离约为一公尺，在典型的感染下，病毒的排出约在感染14天之后。经过2~6天的潜伏期之后。
猫疱疹病毒症状
沉郁、打喷嚏、和咳嗽，接着就出现畏光、结膜炎、和浆液性的眼和鼻分泌物，体温并且快速地提升，阵发性的打喷嚏、深部的气管咳嗽、舌头和上颔的溃疡等症状也常发生；如果再有细菌的继发性感染，那么眼和鼻的分泌物就会呈现脓状。慢性感染的病例可能会出现慢性鼻窦炎、溃疡性角膜炎和全眼炎，年青的仔猫感染可能会造成严重的结膜炎，溃疡性的角膜炎。在急性的病例，症状会持续10~14天，成猫死亡率低，而幼猫则可高达20%~30%。当感染只局限于上呼吸道时，通常就称为病毒性鼻气管炎( FVR )。如果猫皮肤上出现伤口，会经由舔毛而将病毒感染至伤口，而造成皮肤的溃疡，或者脸部皮肤会经由鼻部和眼睛分泌物的感染而造成局部的溃疡，毒血症会使得怀孕母猫将病毒传染给胎儿并造成流产。
猫疱疹病毒发生率
健康的小组群中，病毒排放的发生率可能会低于1%，在有症状的大族群中排放发生率则可能会达到20%，在恶劣环境中，于一周后，可能会有高达50%的猫咪会排毒。全身性的感染已于新生仔猫感染时发现，但新生仔猫感染并不代表母亲曾经感染过此病毒，新生仔猫感染会呈现虚弱、昏睡及腹式呼吸，甚至临床症状尚未出现前就死亡。
猫疱疹病毒诊断
PCR、现今已常规使用于检测结膜、角膜或口咽棉棒采样、角膜刮搔、眼房水、角膜腐骨、血液或活检病材中是否有猫疱疹病毒DNA的存在，较为敏感及准确。
猫疱疹病毒治疗
支持疗法 严重的猫咪猫咪不吃是因为嗅觉的丧失及口腔的溃疡，应该给予适口性佳的食物，并且适当地加温及翻搅来增加猫咪的进食欲望，如果猫咪超过3 d仍然不主动进食时，就建议放置喂食管。所有急性感染的病例都建议给予呼吸道穿透性良好的广效性抗生素来预防继发性细菌感染。
鼻腔的分泌物应该以生理盐水来清理干净，并且涂上凡士林药膏来避免分泌物黏附在鼻孔周围上，也可以给予一些黏液溶解性药物，如bromhexine (溴己新)，眼睛则给予不含类固醇的抗生素眼药水或眼药膏，每天数次，雾化治疗可以增加分泌物的溶解及维持呼吸道的湿度。
注：雾化是一个很重要的治疗手段。
预后：猫咪在康复后 终身带毒，在抵抗力下降的时候会复发。建议加强饲养管理 补充好赖氨酸和营养 抵抗力。
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