SEER 数据库是由美国国立癌症研究所于 1973 年建立,是美国常用的癌症数据库 ,里面包括各式各样的肿瘤类型,如肺癌、乳腺癌、胃癌、结直肠癌、前列腺癌等等.
1、starBase一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA,miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间:2013年11月。
2、miRbase
众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接(如:PicTar)。最新版本发布时间:2010年9月。
3、ChIPBase
整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控,构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间:2012年11月。
4、Tarbase
一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2009年1月。
5、miRecords
一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间:2010年11月。
6、targetScan
基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间:2009年4月。
7、PicTar
基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间:2007年3月。
8、PITA
基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间:2008年8月。
9、RNA22
基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间:2007年。
10、miRanda和microRNA.org
是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间:2010年8月。
11、MicroCosm
EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2010年8月。
12、miRTarBase
整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间:2010年10月。
13、miRGator v2.0
整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间:2010年11月。
14、MiRNAMap
动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间:2008年1月。
15、miRDB
动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间:2010年8月。
16、RNAhybrid
一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间:2011年6月。
17、miRGen
microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2007年1月。
一) 按对信息收录的学科范围划分1.综合性数据库所收录信息覆盖学科范围广,涉及多门学科,检索范围广泛。如Web of
Science、中国知网(CNKI)、万方数据知识服务平台等。
2.专业性数据库所收录信息仅展于某一学科领城,专业性强,用于检索特定专业文献。
如PubMed/MEDLINE、CA 和中国生物医学文献数据库Chinese BioMedial Literature Database,
以下简称CBM )等。
3.专题性数据库收录信息仅限于某一特定对象或专题,适用于专题检索。如中国药物专利数据库、GenBank( 核酸序列数据库)等。
(二) 按收录信息内容的类型不同划分
1.文献型数据库( literature database) 是指以各类型文献为内容的数据库,包括书目数据库( bibliographic database )和全文数据库(full-text database )。
书目数据库是指存储次文献信息的数据库,包括题录数据库、文摘数据库、目录数据库等,是信息检索最常用的数据库。为检索者提供文献出处,检索结果是文献的线索而非原文。
如中国生物医学文献数据库(CBM )、MEDLINE 等。
全文数据库是存储文献全文的数据库,包括图书全文数据库、期刊全文数据库、学位论文全文库等,是信息检索中最受欢迎的数据库。如书生之家数字图书馆、超数字图书馆CNKI、万方数据知识服务平台等都拥有不同类型文献的全文数据库。
2.数值型数据库( numerical database ) 是存就有关科研数据、教们,包括各种统计教据、实验数据、临床检验数据等数值型信息的数据库。如美国国医学图书编制的化学物质毒性数据库RTECS,包含了10 万多种化学物质的急慢性毒理实验数据。
3.事实型数据库( fact database ) 也称指南数据库( directory database ),主要存储某种具体事实、知识数据的非文献信息源的一般参考性、指示性资料信息,每个条目都是对一个事实确切、完整的描述。如人物数据库、机构名录数据库、产品或商品信息数据库以及指南库、术语数据库等。如美国医生数据咨询库PDQ( Physician Data Query ),为医生提供肿瘤诊断、治疗、预后、临床研究等详细资料,相当于一部有关肿瘤的百科全书。
4.图像数据库( image database) 是指以图像、图面、图形等为信息主体数据集合。如美国国立医学图书馆( NLM )的可视人计划数据库( the visible human project)和哈佛大学医学院的全脑图谱数据库(the whole brain atlas )等。
5.多媒体数据库( multimedia database) 是存储数值、文字、表格、图形、图像、声音等多种媒体信息的数据库,如NLM 的医学史数据库( history of medcine )。
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