截至2020年8月，南大二附院有一个院长，五个副院长。
院长：詹启敏
1984年毕业于苏州大学医学院，1987年毕业于中国协和医科大学，詹启敏长期致力于肿瘤分子生物学和肿瘤转化医学研究。
副院长：
1、祝新根：
南昌大学第二附属医院副院长、主任医师、教授；硕士研究生导师，江西省神经外科专业委员会常委。
2、罗军：
1990年毕业于江西中医学院,获中医骨伤学士学位,2001年获中医骨伤硕士学位。毕业后先在江西省体育医院工作，2005年10月调入南昌大学第二附属医院。
3、刘月辉：
刘月辉南昌大学第二附属医院副院长，主任医师，硕士生导师，南昌医术大学课题医学院耳鼻喉科学关节炎术带头人。
4、徐建军
1963年出生于江西省上饶市，是南昌大学医学院第二临床学院一名外科教授。在国内率先开展体外循环手术病人内毒素血症防治的有关研究工作，1994年“中华心血管病杂志”以较大篇幅介绍相关研究结果。在体外循环围术期内分泌功能变化研究领域中先后取得2项科技成果。
5、邵江华
南昌大学第二附属医院肝胆外科专家，1963-10教授、主任医师、博士生导师，2002年完成美国德州MD Anderson癌中心博士后研究工作。
江西省瑞金市人邹书兵,1961年4月出生,江西省瑞金市人。1977年考入江西医学院,南昌大学第二附属医院教授 、主任医师、博士生导师、南昌大学第二附属医院肝胆胰外科首席专家,荣获第九届中国医师奖。
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