影响疫苗免疫效果的因素主要有：
一、遗传因素：机体对接种抗原的免疫应答在一定程度上是受遗传控制的，因此，不同品种甚至同一品种的不同个体的动物，对同一种抗原的免疫反应强弱也有差异。
二、营养状况：维生素、微量元素、氨基酸的缺乏都会使机体的免疫功能下降。例如，VA缺乏会导致淋巴器官的萎缩，影响淋巴细胞的分化、增殖，受体表达与活化，导致体内的T淋巴细胞、NK细胞数量减少，吞噬细胞的吞噬能力下降。
三、环境因素：环境因素包括动物生长环境的温度、湿度、通风状况、环境卫生及消毒等。如果环境过冷过热、湿度过大、通风不良都会使机体出现不同程度的应激反应，导致机体对抗原的免疫应答能力下降，接种疫苗后不能取得相应的免疫效果，表现为抗体水平低、细胞免疫应答减弱。环境卫生和消毒工作做得好可减少或杜绝强毒感染的机会，使动物安全度过接种疫苗后的诱导期。只有环境搞得好，就大大减少动物发病的机会，即使抗体水平不高也能得到有效的保护。如果环境差，存有大量的病原，即使抗体水平较高也会存在发病的可能。
四、疫苗的质量：疫苗质量是免疫成败的关键因素。弱毒疫苗接种后在体内有一个繁殖过程，因而接种的疫苗中必须含有足够量的有活力的病原，否则会影响免疫效果。灭活苗接种后没有繁殖过程，因而必须有足够的抗原量做保证，才能刺激机体产生坚强的免疫力。保存与运输不当会使疫苗质量下降甚至失效。
五、疫苗的使用：在疫苗的使用过程中，有很多因素会影响免疫效果，例如疫苗的稀释方法，水质，雾粒大小，接种途径，免疫程序等都是影响免疫效果的重要因素。
六、病原的血清型与变异：有些疾病的病原含有多个血清型，给免疫防治造成困难。如果疫苗毒株（或菌株）的血清型与引起疾病病原的血清型不同，则难以取得良好的预防效果。因而针对多血清型的疾病应考虑使用多价苗。针对一些易变异的病原，疫苗免疫往往不能取得很好的免疫效果。
七、疾病对免疫的影响：有些疾病可以引起免疫抑制，从而严重影响了疫苗的免疫效果，比如鸡群感染马立克氏病病毒（MDV）、传染性法氏囊病病毒（IBDV）、鸡传染性贫血因子（CAA）等都会影响其它疫苗的免疫效果，甚至导致免疫失败。另外，动物的免疫缺陷病、中毒病等对疫苗的免疫效果都有不同程度的影响。
八、母源抗体：母源抗体的被动免疫对新生动物是十分重要的，然而对疫苗的接种也带来一定的影响，尤其是弱毒疫苗在免疫动物时，如果动物存在较高水平的母源抗体，会严重影响疫苗的免疫效果。鸡新城疫、马立克氏病、传染性法氏囊病的免疫都存在母源抗体的干扰问题，需测定雏鸡的母源抗体水平来确定首免日龄。
九、病原微生物之间的干扰作用：同时免疫两种或多种弱毒疫苗往往会产生干扰现象，给免疫带来一定的影响。
免疫是人体的一种生理功能，人体依靠这种功能识别“自己”和“非己”成分，从而破坏和排斥进入人体的抗原物质，或人体本身所产生的损伤细胞和肿瘤细胞等，以维持人体的健康。 生理防御，就是人体抵御病原体及其毒性产物侵犯，使人免患感染性疾病。自身稳定，人体组织细胞时刻不停地新陈代谢，随时有大量新生细胞代替衰老和受损伤的细胞。免疫系统能及时地把衰老和死亡的细胞识别出来，并把它从体内清除出去，从而保持人体的稳定。免疫监视，主要对发生突变的细胞进行自身监视，及时识别出来，并将它消灭掉。免疫监视功能，监督机体内环境出现的突变细胞及早期肿瘤，并予以清除。人体免疫的分类非特异性免疫 第一道防线： 由皮肤和黏膜构成的，他们不仅能够阻挡病原体侵入人体，而且它们的分泌物（如乳酸、脂肪酸、胃酸和酶等）还有杀菌的作用。呼吸道黏膜上有纤毛，可以清除异物 第二道防线：体液中的杀菌物质和吞噬细胞特异性免疫 第三道防线：主要由免疫器官（胸腺、淋巴结和脾脏等）和免疫细胞（淋巴细胞）组成。免疫生理防御，就是人体抵御病原体及其毒性产物侵犯，使人免患感染性疾病。还有自身稳定，人体组织细胞时刻不停地新陈代谢，随时有大量新生细胞代替衰老和受损伤的细胞。免疫系统能及时地把衰老和死亡的细胞识别出来，并把它从体内清除出去，从而保持人体的稳定。免疫监视，免疫系统具有识别、杀伤并及时清除体内突变细胞，防止肿瘤发生的功能，称为免疫监视。免疫监视是免疫系统最基本的功能之一。
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