其中第一个线粒体源的凋亡促进因子cytc的释放将会在细胞质中招募apaf1和caspase9，形成凋亡复合体，凋亡复合体中caspase9相互活化，最终活化多种效应caspase（3等）。
第二个发现的线粒体凋亡因子smac，在凋亡启动后释放到细胞质中，可以解除AIP对pro-caspase9的抑制，促进调往复合体的形成，因此促进凋亡。
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