军区总院
省中医院
是南京最好的三甲医院，治胃病很厉害。鼓楼医院最近挖了好多厉害的医生过来南京鼓楼医院，
又名南京大学医学院附属鼓楼医院，南京市红十字中心医院。是中国最早建立的西医医院之一。是由基督教会派遣的加拿大籍传教士威廉姆·爱德华·麦克林医学博士（W·E·Macklin
中文译音马林）1892年创建的一所“基督医院”，民间又称“马林医院”。
医院现有编制床位1460张，2006年门急诊病人160万人次，出院病人4.2万人次。在职职工2486余人，其中卫技人员2020人，正、副主任医师257名，正、副教授122名，35名专家享受政府特殊津贴。
医院科室设置齐全。现有临床科室32个，医技科室32个，各类研究所、实验室21个。肝胆外科、泌尿外科、骨科、血管外科、呼吸内科、妇产科、消化科、免疫科、内分泌科、急诊医学科、麻醉科、心脏内科、心胸外科、血液科、检验科、肿瘤科、中医科、普外科、骨关节病科、药剂科、放射科、病理科、老年医学科、神经内科、肾内科、烧伤整形科、神经外科、耳鼻咽喉科分别为国家重点学科、江苏省“135工程”重点学科和江苏省、南京市临床医学重点专科。2006年医院被国家人事部批准设立博士后科研工作站。目前有博士生培养点17个，硕士生培养点27个。为卫生部专科医师培训基地，江苏省首家外科基本技能培训基地，中国药科大学临床药学教学基地。
医院医疗设备先进。拥有国际先进的正电子发射计算机断层扫描仪（PT.CT）、ECT、16排CT、DSA、体外震波碎石机、超声内镜系统、重症监护系统、符合国际标准的百级净化手术间、PACS影像存储通信系统等先进设备。
医院先后被中央文明委、江苏省、南京市表彰为“全国创建文明行业工作先进集体”、“文明单位”；被卫生部授予“全国卫生系统先进单位”、“全国医院文化工作先进单位”等称号。
医院目前正在实施南扩工程，完工后医院病床达到2400张床位。届时将成为一所环境优美、设施配套、技术先进、服务优质、国内一流的集医疗、教学、科研、保健为一体的的现代化医院。
综合性大学医学部，2所南京大学医学部 附属医院：鼓楼医院（三级甲等）
东南大学医学院（原铁道医学院） 附属医院：中大医院（三级甲等）
专业性医科大学，2所
南京医科大学 主要附属医院：江苏省人民医院（三级甲等）、南京医科大学附属第二医院（三级乙等）、江苏省肿瘤医院、南京市口腔医院、江苏省口腔医院、南京市脑科医院、南京市第一医院（三级甲等）、南京市儿童医院（三级甲等儿童医院）、江苏省妇幼保健医院
南京中医药大学 主要附属医院：江苏省中医院（三级甲等中医院）、江苏省第二中医院、南京市中医院（三级甲等中医院）
军队院校，1所
解放军第二军医大学南京军医学院（以培养军队医疗系统高级护理人员出名）
民办本三院校，2所
南京医科大学康达学院
南京中医药大学翰林学院
中国药科大学是药学类院校，没有医学类专业。
南京的医学类学校，在全国都只能算二流，要说实力谁弱谁强，无可比性，南医大应该是综合实力最强的，医学类学科门类全，附属医院多且医疗科研实力雄厚，但是南京大学医学部恐怕在基础医学和临床医学方面也不错。
而南京中医药大学则是中医学类院校，因为是国家中医药人才培养基地和留学生基地，因此在全国的影响力反而比南京医科大学大。
总的来说，学临床医学或基础医学，最佳是南医大和南大医学部，学中医，则是中医药大学，学药学，惟有中国药科大学！
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