基本上，现在所有的工程质粒，在使用时，都会插入外源片段，成为重组质粒（事实上，工程质粒本身就是重组而来）。
融合蛋白，是指2个或多个蛋白的基因片段经拼接后表达，形成包含上述蛋白片段的蛋白。
融合蛋白的表达一般都是要先构建重组质粒，再转入合适的表达体系（如细菌、酵母、细胞或组织中），表达产物就是融合蛋白。
但还有很多的重组质粒，未必是用来表达融合蛋白的，比如，有些蛋白不需加标签，有些质粒只是为了转录出RNA，等等。
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融合基因的两个启动子相连，蛋白会表达融合蛋白是指在基因工程迅速发展的基础上，通过DNA重组技术将两个或多个基因的编码区首尾连接，由同一调控序列控制构成的基因表达后所得的蛋白质产物。融合蛋白技术是为获得大量标准融合蛋白而进行的有目的性的基因融合和蛋白表达方法。利用融合蛋白技术，可构建和表达具有多种功能的新型目的蛋白。 融合蛋白有两种不同的含义，一种是通过DNA重组技术得到的两个基因重组后的表达产物。另一种含义就是介导两个细胞质膜融合的一组蛋白，如在仙台病毒脂双层外侧小叶中含有的两种糖蛋白之一，介导病毒被膜与宿主细胞质膜的融合作用。另一种糖蛋白是血细胞凝集素神经酰胺酶。 两个不同的蛋白质连成一个大分子。可以通过化学方法连接，也可通过基因的融合来实现。在基因操作中，对一些分子数小的多肽基因常采用融合的方法与某一基因（如lac）相连，二者之间接上某一酶（如凝血酶）的切口，以增加在体内表达后产物的稳定性，也有的故意使两个分子串连融合以提高疗效，如IL-3与GM-CSF。也有与分泌性蛋白的信号肽基因组成融合基因，以使表达产物分泌到膜外或胞外。 在基因工程迅速发展的基础上，有目的地把两段或多段编码功能蛋白的基因连接在一起，进而表达所需蛋白，这种通过在人工条件下将两个或多个基因的编码区首尾连接，由同一调控序列控制构成的基因表达后所得的蛋白质产物称为融合蛋白。
现在已鉴定多种胞质蛋白对膜泡融合是需要的，但仍不了解它们如何发挥作用。有两种融合蛋白参与介导膜泡的融合过程较清楚：一种是N-乙基顺丁烯二酰亚胺-敏感融合蛋白（N-ethylmaleimide-sensitivefusionprotein，NSF），是一种ATP酶另一种是可溶性NSF连接蛋白SNAPs。在囊泡停泊位点，SNAPs识别并结合囊泡膜上的受体v-SNARE和靶膜上受体t-SNARE，启动融合复合物（fusioncomplex）的组装，膜融合复合物催化囊泡与靶膜的融合.
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