卵巢囊肿手术是可以报销的。首先卵巢囊肿手术的话，花费比较高。通常的话要几千，甚至上万，是一种大病那是纳入医保范畴的。其次报销的比例还有数额是跟当地的医疗机构规定是相关的，比如说农民的话，一般来说几千甚至上万块钱的治疗手术，只需要花几百块钱就可以了。
卵巢囊肿是常见的妇科疾病是一种卵巢的良性肿瘤。在生育期最为常见，如果有卵巢囊肿，一定要手术治疗。每个地方的收费标准不一样。手术中用的药物也不一样。报销的比例也不一样。卵巢囊肿手术以后会有创伤一定要预防感染。
通常卵巢囊肿持续存在三个月以上，或者卵巢囊肿刚检查出来就比较大，六七厘米七八厘米以上，那可以直接做手术。
法律分析：首先的就是一级医院，对于一级医院来说，起付准则为三万元的话，那么，医院的报销比例为90%个人只需要承受10%即可，如果起付准则为34万元的话，则医院的报销比例为95%，个人只需要承受5%即可。各个医院及各个区域间的收费规范不一般，一般二级医院价格大约在六、7千块钱，三甲医院一般在一万块钱左右，假如做腹腔镜手术，一般住院3-5天，农合能够报销。一般手术时候最佳选在月经清洁三天以后，术以后要注重休息，不要受风寒，不要吃生冷辛辣刺激性食品。做手术有医保怎么报销
1.入院或出院时都必须持医疗保险IC卡到各定点医疗机构医疗保险管理窗口办理出入院登记手续。住院时个人先预交医疗费押金，出院结帐后多还少补。未办理住院登记手续前发生的医疗费不纳入基本医疗保险支付范围。因急诊住院未能及时办理住院登记手续的，应在入院后次日凭急诊证明到医疗保险管理窗口补办住院手续(如遇节假日顺延)，超过时限的医疗费自负。
2.参保人员住院后统筹基金的起付线：起付线各地标准各有不同一般为上年度全市职工年平均工资的10%，在一个基本医疗保险结算年度内，多次住院的医疗费累计计算。
3.参保人员因病情需要转诊或转院的，须经三级以上定点医疗机构副主任医师或科主任诊断后提出转诊(院)意见，由所在单位填报申请表，经定点医疗机构医疗保险管理部门审核同意报市(区)社保机构批准后办理转诊(院)手续。
转院限于省特约医院，其费用先由本人垫付，其报销标准要先自负10%，再按本地规定计算可报销金额。
4.在定点医疗机构出院时，各定点医疗机构会按照相关政策计算医保报销金额和个人应该自付的金额，其报销金额由定点医疗机构和市区社会保险经办机构结算，个人应该自付的金额由定点医疗机构和参保人员本人结算。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》 第十条 职工应当参加基本养老保险，由用人单位和职工共同缴纳基本养老保险费。
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