口服核苷类似物药物有六种：拉米夫定、阿德福韦酯、恩替卡韦、替比夫定、替诺福韦、丙酚替诺福韦，受到药物可及性和价格因素的影响，应用恩替卡韦治疗的乙肝患者最为广泛。随着丙酚替诺福韦的上市，它以高效抗病毒、副作用少、肝癌发生率低、至今保持零耐药而备受青睐。注射干扰素疗法分为普通干扰素和聚乙二醇干扰素，普通干扰素由于疗效低、副作用多而逐渐被淘汰。聚乙二醇干扰素尽管副作用多，但其疗程短、转阴率高仍被广泛采纳。
临床上确诊的慢性乙型肝炎的患者需要进行抗病毒治疗，目前指南推荐的抗病毒药物包括恩替卡韦、替诺福韦以及丙酚替诺福韦。丙酚替诺福韦适合肾功能不佳的老年男性，副作用较少，大部分患者通过口服抗病毒药物后可以控制乙肝的发作，只有少部分患者会出现病毒药物耐药的情况，需要联合治疗。另外，慢性乙型肝炎的患者还需要定期复查肝功能，建议每三个月一次，并且要进行乙肝病毒DNA的检测，如果肝功能反复出现，转氨酶升高还需要口服保肝、降酶的药物联合治疗，大部分慢性乙型肝炎的患者通过抗病毒及保肝治疗，都能够控制肝炎的发作，只有少部分的人群会出现反复的肝炎发作，转变为肝纤维化，甚至肝硬化。
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