根据《新疆生产建设兵团居民基本医疗保险筹资标准》：1、新疆建设兵团医疗保险属于城镇居民医疗保险，新农村合作医疗属于农村医疗保险。
2、参保对象不同，只有新疆建设兵团户籍才能参保新疆建设兵团医疗保险，只有农村户籍居民才能参保新农村合作医疗。不能互相享受。
3、资费标准比新农合更加优惠：该医疗保险启动阶段按其参保人员不同，筹资标准也有所不同。原则上为：学生儿童（包括中小学阶段的在校学生、非在职在校大学生、少年儿童）按每人每年100元的标准筹集。其中，个人缴纳20元，补助80元；属于低保对象或重度残疾的学生儿童个人缴纳10元，补助90元。成年居民即除学生儿童以外的其他非从业居民，按每人每年200元的标准筹集。其中，个人缴纳120元，补助80元；属于低保对象、丧失劳动能力的重度残疾人、60周岁以上的老年人、人均家庭收入低于统筹区所在地方最低工资标准的低收入家庭个人缴纳60元，补助140元。
4、医保指定医院不同。
5、待遇保障比新农合更加优惠：在一个年度内，新疆生产建设兵团居民医疗保险基金最高支付限额为1．5万元至2．5万元。对连续缴费5至8年、9至12年、13年以上者，最高支付限额在原基础上分别增加1万元、2万元、3万元。
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新型农村合作医疗（简称“新农合”）是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。其采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。
2002年10月，中国明确提出各级政府要积极引导农民建立以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度。2009年，中国作出深化医药卫生体制改革的重要战略部署，确立新农合作为农村基本医疗保障制度的地位。2015年1月29日，国家卫计委、财政部印发关于做好2015年新型农村合作医疗工作的通知提出，各级财政对新农合的人均补助标准在2014年的基础上提高60元，达到380元。
2017年，各级财政对新农合的人均补助标准在2016年的基础上提高30元，达到450元，其中：中央财政对新增部分按照西部地区80%、中部地区60%的比例进行补助，对东部地区各省份分别按一定比例补助。农民个人缴费标准在2016年的基础上提高30元，原则上全国平均达到180元左右。探索建立与经济社会发展水平、各方承受能力相适应的稳定可持续筹资机制。
目前2023年新农合交费工作准备就绪，好多地方已经开始，但大部分地方新农合交费的时间是从2022年9月1日开始到12月31日截止。
根据医保局关于2023年新农合交费标准消息，个人缴费从去年的每人320元，提高到350元，今年新农合每人要交350元，补贴610元，人均筹资标准共计是960元。这是2023年新农合交费的最低标准，各个地方要参照这个标准可以适当上浮。
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