二、巨大芽孢杆菌：解磷（磷细菌），具有很好的降解土壤中有机磷的。
三、胶冻样芽孢杆菌：解钾，释放出可溶磷钾元素及钙、硫、镁、铁、锌、钼、锰等中微量元素。
四、地衣芽孢杆菌：抗病、杀灭有害菌，
五、苏云金芽孢杆菌：杀虫（包括根结线虫），对鳞翅目等节肢动物有特异性的毒杀活性。
六、侧孢芽孢杆菌：促根、杀菌及降解重金属，
七、胶质芽孢杆菌：有溶磷、释钾和固氮功能，分泌多种酶，增强作物对一些病害的抵抗力。
八、泾阳链霉菌：具有增强土壤肥力、刺激作物生长的能力。
九、菌根真菌：扩大根系吸收面，增加对原根毛吸收范围外的元素（特别是磷）的吸收能力。
十、棕色固氮菌：固定空气中的游离氮，增产。
十一、光合菌群：是肥沃土壤和促进动植物生长的主力部队。
十二、凝结芽孢杆菌：可降低环境中的氨气、硫化氢等有害气体。提高果实中氨基酸的含量。
十三、米曲霉：使秸秆中的有机质成为植物生长所需的营养，提高土壤有机质，改善土壤结构。
十四、淡紫拟青霉：对多种线虫都有防治效能，是防治根结线虫最有前途的生防制剂。
三种以上多种复合菌相互促进、相互补充，抗土传病害效果远远大于单一菌种。有益菌群相互协同，共同作用，能使作物达到高产丰产的效果.
1、促进快速生长：菌群中的巨大芽孢杆菌、胶冻样芽孢杆菌等有益微生物在代谢过程中产生大量的植物内源酶，可明显提高作物对氮、磷、钾等营养元素的吸收率。
2、调节生命活动，增产增收：菌群中的胶冻样芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等有益菌可促进作物根系生长，须根增多。有益微生物菌群代谢产生的植物内源酶和植物生长调节剂经由根系进入植物体内，促进叶片光合作用，调节营养元素往果实流动，膨果增产效果明显。与施用化肥相比，在等价投入的情况下可增产15%—30%。
3、果实品质明显提高：菌群中的侧孢芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌等可降低植物体内硝酸盐含量20%以上，能降低重金属含量，可使果实中Vc含量提高30%以上，可溶性糖提高2—4度。乳酸菌、嗜酸乳杆菌、凝结芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等可提高果实中必需氨基酸（赖氨酸和蛋氨酸）、维生素B族和不饱和酸等的含量。果实口感好，耐储藏，卖价高。
4、分解有机物质和毒素，防止重茬：菌群中的米曲菌、地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等有益微生物能加速有机物质的分解，为作物制造速效养分、提供动力，能分解连作有毒有害物质，防止重茬。
5、根际环境保护屏障：菌群中的地衣芽孢杆菌等有益微生物施入土壤后，迅速繁殖成为优势菌群，控制根际营养和资源，使重茬、根腐、立枯、流胶、灰霉等病原菌丧失生存空间和条件。使植物根系细胞的细胞壁增厚，纤维化、木质化，并生成角质双硅层，形成阻止病原菌侵袭的坚固屏障。
6、增强抗逆性：菌群中的地衣芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌等有益微生物可增强土壤缓冲能力，保水保湿，增强作物抗旱、抗寒、抗涝能力；同时侧孢芽孢杆菌还可强化叶片保护膜，抵抗病原菌侵染，抗病，抗虫。
益生菌主要分为以下五类：1、酵母菌
研究发现酵母菌具有调节肠道平衡、促进饲料转化以及提高机体免疫功能等良好的益生特性，多作为饲料添加剂用于畜禽养殖。研究较多的酵母菌有酿酒酵母属、德尔布有孢圆酵母属、假丝酵母属、威克汉姆酵母属、毕赤酵母属、布拉氏酵母属、白球拟酵母属、薛瓦酵母属、深红酵母属、粟酒裂殖酵母属、鲍氏酵母属。
2、益生芽孢杆菌
是一类对机体具有益生特性的、好氧或兼性厌氧、产芽孢的杆状细菌，为革兰氏染色阳性菌。
3、丁酸梭菌
又名酪酸梭菌，是从健康人和动物肠道中分离出的一种厌氧的革兰氏阳性芽孢杆菌。目前研究发现丁酸梭菌具有维持肠道菌群平衡、增强机体免疫功能、生成营养物质、防治肠炎等良好的益生特性。
4、乳酸菌
乳酸菌指发酵糖类主要产物为乳酸的一类无芽孢、革兰氏染色阳性细菌的总称。乳酸菌是最常见的益生菌，已经被广泛应用并认为对人和动物是安全的。
5、双歧杆菌
其是人体内存在的一种生理性细菌，是人体有益菌中最值得重视和研究的一种，它与人体的健康密不可分。
1、活性乳酸菌使肠道菌群的构成发生有益变化，改善人体胃肠道功能，恢复人体肠道内菌群平衡，形成抗菌生物屏障，维护人体健康。乳酸菌在肠道中通过代谢产生乳酸，能抑制有害细菌的生长和繁殖，刺激肠道蠕动，增加粪便含水量，润肠通便，而且它对溃疡、下痢、腹泻、便秘也有显著治疗效果。
2、双歧杆菌
双歧杆菌属（Bifidobacterium）是一种革兰氏阳性、不运动、细胞呈杆状、一端有时呈分叉状、严格厌氧的细菌属，广泛存在于人和动物的消化道、阴道和口腔等生境中。双歧杆菌属的细菌是人和动物肠道菌群的重要组成成员之一。
一些双歧杆菌的菌株可以作为益生菌而用在食品、医药和饲料方面。对人体健康具有生物屏障、营养作用、抗肿瘤作用、免疫增强作用、改善胃肠道功能、抗衰老等多种重要的生理功能。
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3、植物乳杆菌
植物乳杆菌具有很多的保健作用，如下：①有一定的免疫调节作用；②对致病菌有抑制作用；③降低血清胆固醇含量和预防心血管疾病；④维持肠道内菌群平衡；⑤促进营养物质吸收；⑥缓解乳糖不耐症；⑦抑制肿瘤细胞的形成等。
4、嗜酸乳杆菌
嗜酸乳杆菌在人体整个胃肠道中，"从上而下"调节微生态环境。"下"是指在大肠中，它们也可以释放有益双歧杆菌等其他益生菌生长的物质，增加大肠内益生菌的数量、增强它们的生命力。
5、保加利亚乳杆菌
保加利亚酸奶中的乳酸菌，在分类上属于乳酸杆菌，因其菌种产地、微生物特性、效能优异等特点，被微生物学家命名为德氏乳杆菌保加利亚亚种（简称保加利亚乳杆菌）。
在实验中发现，保加利亚乳杆菌、嗜酸乳杆菌、嗜热链球菌发酵的酸奶对实验动物体内的癌细胞均有抑制作用。
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