（1）增加进口纯种畜和优秀个体的后代数。用于纯繁扩群，增加种畜的数量。
（2）缩短家畜的改良周期，加速品种改良。纯种牛的胚胎移植给黄牛，可将15－20年的改良周期变为一年，大幅度地提高了家畜的遗传品质和生产性能。
（3）用于单胎动物的育种，可缩短选择种牛的年限。如牛的MOET育种方案比后裔测定育种方法遗传进展快。
（4）移植产双胎，提高生产效率。对肉用家畜尤其有价值。同时移植双胚或双半胚或在配种后第7天前后移植一枚胚胎，可获得30%以上的双犊率。
（5）代替种畜的引进。
（6）保存品种资源。保存于具有优良遗传特性的家畜胚胎库、基因库，保护濒临灭绝的家畜和动物品种。
（7）用于一些疾病的诊断和治疗。
（8）发展家畜生物技术的研究手段。这项技术是胚胎分割、嵌合、核移植、体外受精和转基因动物等家畜生物技术不可缺少的技术革新手段，也可用于生物学和医学的研究。
特别值得一提的是，通过胚胎移植产下的后代可从本地母牛获得免疫，疾病抵抗力增强，胚胎传染疾病的危险性减小。胚胎移植技术被越来越多地用于牛的引种和牛群的品种改良。
生理学基础编辑
胚胎移植能否成功，与供体和受体的生理状况有关。
1、哺乳动物发情排卵后，不管是否妊娠，在一段时间内，同种动物的供、受体生殖器官的生理变化是相同的，这就为供体的胚胎移入受体提供了相同的生理环境。
2、哺乳动物早期胚胎形成后，在一定的时间内不会与母体子宫建立组织上的联系，而是处于游离状态，这就为胚胎的收集提供了可能。
3、大量的研究已经证明，受体对移入子宫的外来胚胎基本不发生免疫排斥反应，这为胚胎在受体内的存活提供了可能。
4、供体胚胎可与受体子宫建立正常的生理和组织联系，但移入受体的供体胚胎的遗传特性在孕育过程中不受任何影响。
基本程序编辑
以家畜为例，胚胎移植主要包括对供、受体的选择和处理，配种或进行人工授精（人工受精前，精子需进获能处理），对胚胎的收集、检查、培养或保存，对胚胎进行移植，以及移植后的检查等步骤。
所谓胚胎移植，也就是人们所说“人工妊娠”或“借腹怀胎”。它是首先应用于繁殖家畜而发展起来的一种生物工程。
有了优良品种，如何在短时间内大量繁殖，迅速推广应用，这是畜牧业长期难以解决的问题之一。例如一头母牛，一年大约仅生一胎，得一头小牛犊。如此一个优良品种的孕育推广，菲数十年难有大成效。近10年来，由于生物技术的迅速发展及应用而形成胚胎移植技术，使这一难题迎刃而解。
胚胎移植在繁殖家畜的应用原理与过程是十分巧妙的。如牛在自然状态下每次排卵只排1个，应用超数排卵技术可以使母牛多产卵。这就是在母牛发情周期的第9～14天时，注射作为排卵剂的促性腺激素。接着，2～3天后再注射黄体素，再过两天后母牛就会发情，并能超数排卵。原来只能排出1个成熟卵细胞的卵巢，一次就能排出10来个、甚至多达40个以上的成熟卵细胞。这时，选择优良公牛的精液，或者利用冷冻保存的良种精液，进行人工授精。等待人工授精的母牛发情后的第6～8天，从它的子宫内采取胚胎。如果胚胎发育正常的话，通常将此早期胚胎送置于摄氏37度的养母的子宫内，于10小时内进行胚胎移植。
胚胎也可保存于低温，或运往世界各地，进行胚胎移植；还可以将此胚胎暂时寄存在兔子的输卵管内，使它继续正常发育2～4天，以便再运往远方进行移植。如果胚胎暂时不准备移植，可将它置于-196摄氏度下冻结保存，待将来移植时，把它解冻后仍能够正常发育。
胚胎移植已在世界各地普遍开展。英国剑桥大学的科学家波尔格于1980年用卵细胞培育成胚胎，创造了“试管牛”。1987年2月10日，保加利亚北部苏门洲的一个水牛饲养试验站饲养的水牛生下1头试管水牛。这次水牛胚胎移植是保加利亚和美国的畜牧专家共同合作的研究成果，它为比较充分地利用水牛亲体的遗传因子开辟了新路。
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