果皮颜色受果皮色泽基因(P，Pv，p)(三复等位，P>Pv>p)控制，褐色果皮基因(Bpbp)控制，有红色(P_Bp_)，花斑(白底红条，Pv_Bp_)，棕色(P_bpbp)，白色(pp__)。无花粉直感作用，决定于母本基因型。
糊粉层有紫，红，白等，由7对基因(花青素基因A1a1，A2a2，A3a3糊粉粒色基因Cc，Rr，Prpr色素抑制基因ii)控制。比较复杂。显隐关系为:紫>红>白
淀粉层有黄胚乳(Y_)白胚乳(yy)控制。
另外，胚尖有紫尖(Pu_)和无色(pupu)。
糊粉层淀粉层都有花粉直感，父本显性时可以表现出来。
准确的说玉米粒的颜色是由种皮、糊粉层和胚乳三种组织共同决定的。而彩玉米就是这三种组织中含有的天然色素的种类和量来决定的。而彩玉米就是玉米种皮或者糊粉层含有花青素产生的。花青素是一类天然色素，目前只发现在玉米的种皮糊粉层中大量存在，而胚中只有少量。花青素有成百上千种，其中天竺葵素、矢车菊素和飞燕草素是最常见的三种花青素，这三种色素由红到紫，其不同的配比含量就会产生各种各样的过渡色---彩玉米的颜色。彩玉米就是一种天然存在的玉米，而且还是古老的玉米种！当合成花青素的基因发生突变后，因没有花青素的颜色遮挡，这才能看到胚乳的颜色（黄或者白）。所以，从这个角度看，我们常见的黄或白玉米是基因突变的产物。主要是基因决定的！玉米籽粒颜色属质量性状，它由果皮、胚乳和胚的颜色共同决定。果皮是由子房壁形成的（2n＝20），无花粉直感现象。胚乳是由两个极核和一个精子受精发育面成（2n＝30），有花粉直感现象。胚是由一个卵子和一个精子受精发育而成（2n＝20），有花粉直感现象。
果皮的颜色受果皮色基因P－p（IS－26）和褐色果皮基因Bp－bp（9S－44）两对基因控制，表现出红色、棕色、花斑色和白色四种表现型。
胚乳颜色的遗传：胚乳由糊粉层和淀粉层组成，颜色由不同的基因控制。
糊粉层颜色的遗传：一般玉米的糊粉层是无色的，但在特殊的遗传背景下可以形成紫色、红色和棕色等颜色。糊粉层的颜色至少由9对基因控制。
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