基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法。由于探针序列是根据目标序列进行设计，是确定的，因此，芯片是个相对封闭的系统。换句话说，芯片只能对已知的序列进行检测。
第一代和第二代测序技术除了通量和成本上的差异之外，其测序核心原理（除Solid是边连接边测序之外）都是基于边合成边测序的思想。第二代测序技术的优点是成本较之一代大大下降，通量大大提升，但缺点是所引入PCR过程会在一定程度上增加测序的错误率，并且具有系统偏向性，同时读长也比较短。
第三代测序技术是为了解决第二代所存在的缺点而开发的，与前两代相比，它的根本特点是单分子测序，不需要任何PCR的过程，这是为了能有效避免因PCR偏向性而导致的系统错误，同时提高读长，并要保持二代技术的高通量，低成本的优点。
在测序未普及前，芯片是最常使用的大规模筛查工具，如人基因表达谱芯片，一次实验就可以对人类已知的2~3万个基因进行筛查，找出关键差异基因。我们知道，芯片是基于探针与目标序列杂交结合的原理进行检测。由于探针序列是根据目标序列进行设计，是确定的，因此，芯片是个相对封闭的系统。换句话说，芯片只能对已知的序列进行检测。
2.检测场景
基因测序有相同也有不同的检测场景。比如研究参考序列较丰富物种的表达谱，虽然用芯片和测序都可以，但是用芯片进行定量会更为准确。又比如参考序列较少的物种，要做定量分析，选择测序就更为合适，既能测定序列又能做定量分析。如果想发现新的转录本，或者研究基因表达的可变剪接等，选择测序准没错。也有一些研究，会将两者结合，先用测序获得序列信息，再用芯片进行定量分析，发挥两种手段各自的优势。
基因芯片技术对于已知基因突变的筛查具有明显优势，可以快速、全面地检测出目标基因突变。测序能有效检测致病基因、易感基因位点以及含量极低的突变基因，不仅对于单基因遗传病是一个很好的研究手段，对于许多常见病，如肿瘤、糖尿病等疾病也可进行大规模比较研究。测序对已发生疾病（临床）检出率方面略优于基因芯片。
3.实验周期
相比于测序，无论是实验过程还是数据分析过程，芯片都更为成熟和简单。因而芯片的实验周期通常约为测序的一半时间或者更短。
4.价格
与基因测序相比，基因芯片性价比高，一张基因芯片可以实现mRNA，lncRNA，circRNA不同种类的RNA全基因组检测。
总结重点:
基因芯片只能检测已知基因
高通量测序可以检测到未知基因
参考学习链接：
1.https://mp.weixin.qq.com/s/tWHWA-f1RnP_XWY66p12pg
2.https://www.biowolf.cn/GEOchip/seq_chip.html
3.http://blog.sina.com.cn/s/blog_40d4ae110101fjzy.html
4.https://www.sohu.com/a/109938085_115001
基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。
当溶液中带有荧光标记的核酸序列TATGCAATCTAG，与基因芯片上对应位置的核酸探针产生互补匹配时，通过确定荧光强度最强的探针位置，获得一组序列完全互补的探针序列。据此可重组出靶核酸的序列。
优点
1、在实际应用方面，生物芯片技术可广泛应用于疾病诊断和治疗、药物筛选、农作物的优育优选、司法鉴定、食品卫生监督、环境检测、国防、航天等许多领域。
2、它将为人类认识生命的起源、遗传、发育与进化、为人类疾病的诊断、治疗和防治开辟全新的途径，为生物大分子的全新设计和药物开发中先导化合物的快速筛选和药物基因组学研究提供技术支撑平台。
缺点：
1、技术成本昂贵、复杂；
2、检测灵敏度较低；
3、重复性差；
4、分析泛围较狭窄。
基因测序，一种新型基因检测技术，能够从血液或唾液中分析测定基因全序列，预测罹患多种疾病的可能性，个体的行为特征及行为合理。基因测序技术能锁定个人病变基因，提前预防和治疗。
优点
1、一种很好的治疗手段；
2、基因测序技术能锁定个人病变基因，提前预防和治疗。
缺点
1、若全基因的检测普及，含有基因缺陷的人的信息，一旦落入被测者雇主的手中，将对他的生活产生不良影响。
2、而且基因测序而不确定是个性化治疗的唯一基础，其他还包括基因治疗等其他技术基础。更重要的是，对于任何基因测序的设备来说，用于临床前必须对其可靠性和可重复性做好完备的临床试验，并且取得FDA和CFDA的权威认证。
扩展资料
基因芯片，由于所使用的标记物不同，因而相应的探测方法也各具特色。大多数研究者使用荧光标记物，也有一些研究者使用生物素标记，联合抗生物素结合物检测DNA化学发光。通过检测标记信号来确定DNA芯片杂交谱型。
基因测序，本是一种实验室研究技术手段，因“名人效应”应用于高端体检、产前诊断等领域，价格不菲。基因测序最广为人知的，是影星安吉丽娜·朱莉通过基因检测，选择手术切除乳腺以降低患乳腺癌风险。2011年去世的苹果公司创始人史蒂夫·乔布斯患癌时，也曾接受过全基因测序。
参考资料来源：百度百科-基因测序
参考资料来源：百度百科-基因芯片
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