学校设有13个学院（部），2个研究院；有中医学、中西医结合等2个博士学位授权一级学科，有中医学、中西医结合、临床医学、药学、中药学、护理学、医学技术等7个硕士学位授权一级学科，有中医学、中药学、药学、护理学等4个硕士专业学位类别；有中医学、中西医结合等2个博士后科研流动站；有中医学、中医骨伤科学、针灸推拿学、中西医临床医学、临床医学、药学、中药学、药物制剂、制药工程、市场营销、护理学、公共事业管理、医学影像技术、食品科学与工程、康复治疗学、信息管理与信息系统、医学实验技术、健康服务与管理、听力与言语康复学、康复物理治疗、康复作业治疗等21个本科专业。现有全日制在校生1.2万多人，其中研究生2000多人。
学校现有教职医护员工（含四所直属附属医院）3000多人，其中具有高级职称的专业技术人员700多人；拥有1名国医大师、3名全国名中医、2名国家中医药传承与创新“百千万”人才工程（岐黄工程）岐黄学者，2名“全国中医药杰出贡献奖”获得者，5名教育部教学指导委员会委员（其中中医学类专业教学指导委员会副主任委员1名、中西医结合类专业教学指导委员会副主任委员1名）；拥有一批“百千万”人才工程国家级人选、国家和卫生部有突出贡献的中青年专家、国务院特殊津贴专家、国家级名老中医学术继承人指导老师、全国百名杰出青年中医、全国优秀教师等。
2002年和2007年，学校先后两次在教育部组织的本科教学工作水平评估中获得“优秀”成绩。2010年12月，中医学专业通过教育部试点专业认证。2016年，学校顺利通过本科教学工作审核评估，物理治疗学（PT）和作业治疗学（OT）分别通过世界物理治疗联盟（WCPT）、世界作业治疗联盟（WFOT）国际教育标准认证。2017年5月，中药学专业通过教育部专业认证。2019年1月，护理学专业通过教育部专业认证。2020年3月，临床医学专业通过教育部专业认证。目前，学校拥有3个国家级一流本科专业建设点、3门国家级精品课程、2个国家级教学团队、4个国家级特色专业、1门双语教学示范课程、1个国家级人才培养模式创新实验区、2门国家级精品视频公开课、3门国家级精品资源共享课、1个国家级虚拟仿真实验教学项目、1个国家级专业综合改革试点、2项国家级卓越医生（中医）教育培养计划改革试点项目、1个国家级大学生校外实践教育基地，92个省级本科教学工程项目，178个国家级、省级大学生创新创业训练计划项目。主编“十二五”“十三五”规划教材41部。获国家级教学成果一等奖1项、二等奖2项，省级特等奖5项、一等奖12项、二等奖14项。
学校有20个国家中医药管理局重点学科，中西医结合、中医学2个福建省A类高峰学科，中药学、护理学、药学3个福建省高原学科，临床医学、管理学2个福建省应用型学科。临床医学学科进入ESI全球排名前1%行列。有2个国家发展和改革委员会国家地方联合工程研究中心，1个教育部重点实验室，1个国家中医药管理局中医康复研究中心，3个国家中医药管理局重点研究室，8个国家（局级）三级科研实验室，1个国家中医药管理局中医药文献检索中心，2个省级“2011协同创新中心”，2个省级大数据研究所，17个省级各类重点实验室、基地及工程技术研究中心。先后有691项科研成果受到国家和省市等各级奖励，其中国家科学技术进步二等奖1项，教育部科学技术进步奖（科普类）二等奖1项。“十二五”以来，学校进一步推进科技创新，加大科研投入，共承担科研课题3623项，其中国家科技支撑计划项目、“973计划”项目、国家自然科学基金重点项目、国家重点研发计划“中医药现代化研究”重点专项、海峡两岸科技合作联合基金项目、国家社会科学基金项目、国家重大新药创制科技重大专项等国家级项目262项。
学校有4所直属附属医院，其中附属人民医院是国家中医临床研究基地，附属康复医院是国内首家通过国际康复质量认证委员会（CARF）认证的康复专科医院；有19所非直属附属医院、10所临床医学院，各类教学及毕业实习基地逾百所。有康复、肛肠、脾胃、外科等6个国家临床重点专科，17个国家中医药管理局重点专科、专病。屏山校区设立国医堂医院，为社会提供服务。
学校拥有两个校区，共占地1030亩，各类建筑总面积32万多平方米，教学科研仪器设备总值3.8亿多元，纸质图书132.8万册、电子图书88万册。学校各类设施优良，配备了现代化的教学、科研、行政、生活等设施，建设了富有中医药文化气息的人文景观，是一个环境优美、文化浓郁的校园，被授予“全国中医药文化建设先进单位”和“全国绿化模范单位”荣誉称号，已连续七次被福建省委、福建省人民政府授予“文明学校”荣誉称号，并被授予福建省首届“文明校园”荣誉称号。推进节约型校园建设，被确定为全国第一批“节约型公共机构示范单位”创建单位，获全国“公共机构能效领跑者”荣誉称号。
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