1. 按构象分:
一级结构,就是一个连着一个的氨基酸
二级结构,有几个或几十个氨基酸构成的结构域(domain),如α螺旋,β折叠片
三级结构,由不同或相同的结构域组成的蛋白结构,一般由不规则,长短不一的氨基酸链连接,
四级结构,由不同或相同的三级结构组合在一起形成的超级结构.
2. 按存在部位分:
(1) 细胞中的蛋白
细胞膜上的蛋白, 主要有受体蛋白 (如G偶连受体蛋白, TLR等), 离子通道蛋白, 细胞连接蛋
白, 细胞黏附蛋白(Integrin等), 核膜上的蛋白(如形成核孔的蛋白符合物)叶绿体光合作用中
心的光合作用蛋白等
细胞质中的蛋白
细胞骨架蛋白(微丝,微管蛋白), 各种蛋白类的酶, 各种信号通路效应蛋白, 可以在微丝,微管上
运动的动力蛋白和马达蛋白等, 还有调节基因转录的转录因子, 与DNA结合的组蛋白, 与核糖
体结合的核糖体蛋白，还有一些发光蛋白（如GFP）等
(2) 细胞外的蛋白
首先是没有细胞结构生物中的蛋白, 像病毒的衣壳蛋白, 和蛋白类病毒--朊病毒,
还有就是单细胞生物如细菌等分泌的趋化因子, 蛋白类的酶等,
多细胞生物体内的细胞间通讯作用的分泌型蛋白(自分泌,旁分泌,内分泌), 细胞外基质蛋白
(如胶原蛋白等) ，各种诱导因子，还有蛋白免疫系统中的抗体，补体，干扰素等，各种激
素（如胰岛素，促甲状腺素等），一些特殊蛋白如蛇毒蛋白，大豆根瘤菌分泌在根瘤中运输
氧气的血红蛋白等
3. 按功能分
组成生命体结构的一部分，包括细胞结构和细胞外基质，另外还有非细胞结构的病毒类；
运输功能，细胞内的马达蛋白可以在细胞内转运小泡，还有血红蛋白可以结合氧气，在血液中
形式运输功能；
催化功能，蛋白类的酶，像人类消化系统中的胰蛋白酶，细胞内的各种蛋白激酶，三羧酸循环
过程中的酶，核酸酶，基质金属蛋白酶，等等；
保护和防御功能，人类皮肤外的角质层；人类胃粘膜上的保护蛋白；抗体，补体；
生物信号的传递，细胞因子，激素；还有细胞膜上的受体可以将胞外信号传入胞内，
运动功能，鞭毛和纤毛基部的运动蛋白；
还有一些动物为了生存而进化而来的蛋白，如水母的发光蛋白，蜘蛛的蛛丝蛋白等。
4. 按与其它类物质结合分
有糖蛋白，脂蛋白，磷酸化蛋白，和一些金属结合的蛋白，一般在水溶液中蛋白会跟水分子以氢键的形式作用，同时还会有一些离子跟蛋白通过正负电荷吸附的形式作用，所以在水溶液中的蛋白是个含有水，氢离子或氢氧离子，或是其它金属离子，有机，酸根离子的超级复合物。
细胞外基质的主要成分：胶原和弹性蛋白、非胶原糖蛋白、氨基聚糖与蛋白聚糖。
细胞外基质（ECM）的形成需要细胞分泌ECM蛋白，ECM是通过遵循严格的分层组装模式来实现的，该模式从纤连蛋白丝在细胞表面的沉积开始，这一过程称为原纤维形成。
细胞通过降解和重组机制继续重塑ECM，在发育，伤口愈合以及某些疾病状态下，ECM的动态特征尤为明显。
据估计，包含哺乳动物ECM或“核心基质”的蛋白质超过300种，而其中不包括大量与ECM相关的蛋白质，细胞通过诸如整合素（Integrin）和合成癸烷之类的受体与ECM相互作用，从而传导多种信号以调节关键的细胞过程。
例如分化，细胞的增殖，存活和运动等，同时ECM还能结合生长因子，例如VEGF，HGF和BMP，它们被认为会产生生长因子梯度，从而调节发育模式的形成，许多ECM调控的细胞过程是通过肌动蛋白和微管细胞骨架的重组而实现的。
