一、外形区别
1、蚊子：蚊子是多细胞生物。蚊子大小与种类有关，不过大部分小于15mm。体重约为2～2.5mg，一条后腿仅重约0.25mg。蚊子有22颗牙齿。只有一对翅膀，另一对退化为平衡杆。飞行速度约为每小时1.5到2.5公里，一般蚊子飞行时每秒翅膀震动594次左右。
口器为刺吸式，像一根极细的注射器针头。大部分种类雌蚊的口器都适合刺吸血液。蚊体表覆盖形状及颜色不同的鳞片，使蚊体呈不同的颜色。这是鉴别蚊类的重要依据之一。翅脉上也有鳞片，翅后缘有缘鳞。多为夜行性动物。
2、苍蝇：蝇子是苍蝇的别称。体型小型到中型，触角短，仅 3 节，末节末端有节鞭或末节背面有一根羽状刚毛，称触角芒（arista）。复眼2 只，单眼3 只。口器为舔吸式。前翅膜质，用来飞翔。后翅退化为平衡棒（halter），隐于前翅基部的翅瓣下。
二、食物不同
1、蚊子：通常雌性以血液作为食物，而雄性则吸食植物的汁液。
2、苍蝇：苍蝇的食 性非常复杂，是属于杂食性蝇类，可以取食各种物质，人的食物、人和畜禽的分泌物和排泄物、厨房残渣和其他垃圾以及植物的液汁等，都可以供其采食。
三、寿命不同
1、蚊子：蚊子的寿命，在自然条件下雄蚊交配后约7～10天死亡，但在实验室可活到1至2个月。雌蚊一般可活1至2个月，在实验室曾活到四个月。
2、苍蝇：苍蝇的寿命只有1个月左右。
参考资料来源：百度百科-蝇子
参考资料来源：百度百科-蚊子
参考资料来源：百度百科-苍蝇
区别很大……虽然它们都属于双翅目昆虫，但一个是蚊科，一个是蝇科的（好吧）……
从外观结构上来看，蚊子比较纤瘦，苍蝇比较圆胖；蚊子的复眼不是很明显，而苍蝇都拥有标志性的巨大复眼；蚊子是刺吸式口器（长得像针管），苍蝇多数是舐吸式口器（长得像嘴唇加吸管；但螫蝇属有刺吸式口器）；
从生活史上来看，蚊子的幼虫是生活在水中的孑孓，而苍蝇的幼虫是营陆生生活的蛆虫；蚊子吸食动植物的汁液，而苍蝇喜欢腐烂的汁液（或者新鲜的血液）……
总的来说，这两种东西之间的差异是很悬殊的……
而国内常见的蚊子包括有各种类的按蚊、库蚊、伊蚊；常见的苍蝇主要是各种类的家蝇、丽蝇和果蝇。
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