因为蛋清中本来存在的杀菌素逐渐消亡，各种微生物逐渐侵入蛋内生长繁殖，最后使蛋内成分完全崩解，腐败变臭。
鲜蛋在变成臭蛋的过程是一个不断分解消耗自身营养物质的过程，也是蛋清中本来存在的杀菌素逐渐消亡，各种微生物逐渐侵入蛋内生长繁殖，最后使蛋内成分完全崩解，腐败变臭的过程。
主要成分
蛋内自身分解产物:除残存的的蛋白质、脂肪外，还有氨基酸、多肽类及分子量不等的各种羧酸。
有腐败菌分解蛋内成分的产物:气体(二氧化碳、甲烷、氢、氮、氨等)、胺类(甲胺、乙胺、苯乙胺、腐胺、尸胺、组胺等)、硫化氢、吲哚、粪臭素、硫醇、低分子羧酸、低分子酮酸、羧酸、羰基化合物、嘌呤碱、亚硝酸盐、硝酸盐等。
其中有些是使蛋变色和恶臭的来源，如氨、甲胺等胺类、硫化氢、吲哚、粪臭素、硫醇、低分子羧酸等。
霉菌和细菌:蛋类含有多种致病菌如沙门氏菌(禽蛋卵巢感染沙门氏菌严重)、变形杆菌、大肠杆菌等。感染霉菌的蛋可有霉菌色素，霉菌等特有的霉臭味。如果感染了产毒霉菌，很可能含有霉菌毒素。
臭鸡蛋难闻是因为产生了二氢化硫，二氢化硫是带有臭鸡蛋味道的气体，这种气体带有剧毒，很多人闻到了还以为是真正的臭鸡蛋，实际上不是的。该气体在常温下是无色的，同时还比较容易点燃并且引起爆炸。这是一种很危险的气体，和空气融合的话可能会造成很严重的危害。二氢化硫在生活当中被用来合成荧光粉，制作一些电放光、光导体等等，在农药医药等等方面都有所应用，还被用来制作一些无机硫化物。
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