题主提及的问题其实和2000年左右的综合性大学和医科大学的合并有关（成立医学院或部），如当时的上海交通大学和上海第二医科大学、中南工业大学和湖南医科大学、四川大学和华西医科大学、华中理工大学和同济医科大学的合并组建，当然也有合并失败的不少案例。高校和医科大学的合并组建都面临着很大的问题，毕竟每个学校都是几万人，在合并的协商过程中，彼此都会有条件和让步。
上海交通大学在和第二医科大学协商中进展受限后，选择上海第一人民医院和上海第六人民医院成为附属医院，准备组建自己的医学院（多元化发展，比如北京的...）,在划分给交大后，隶属关系未变化，仅在前面冠名“上海交通大学附属”，如上海交通大学附属第一人民医院和第六人民医院。后续上海市儿童医院、上海胸科医院同样划给交大作为附属医院，冠名上海交通大学附属儿童医院和胸科医院。
在2005年，上海交通大学在和第二医科大学正式合并后，，原上海第二医科大学附属瑞金、仁济、新华、九院、儿中心、宝钢（2005年改附属第三人民医院，2014年与附属第九人民医院合并成为九院北部院区）等医院因学校合并，将原名称中的“上海第二医科大学”改为“上海交通大学医学院”，即“上海交通大学医学院附属瑞金医院”等。在合并后，上海市将中福会国际和平妇幼保健院、上海市精神卫生中心以及2013年新合并成立的同仁医院也都划给交大作为附属医院，同时冠名“上海交通大学医学院附属某某医院”。
其实，在合并中学校更多的是希望保留自己原有的传统和文化，这就导致名称的不一致，希望对你有所帮助:(
上海交通大学医学院附属XX医院，医院人事任命隶属于医学院，为原上海第二医科大学附属的医院，换句话说是“亲生儿子”，像医学院附属瑞金医院、医学院附属仁济医院、医学院附属新华医院、医学院附属九院等。 上海交通大学附属医院人事关系隶属于上海申康医院发展中心，不是交大医学院的“亲生儿子”。
其实上海所有三甲医院都有自己的办医主体：复旦系（中山、华山、儿科、妇产科、肿瘤、五官科医院）、交大系（瑞金、仁济、新华、九院、儿中心）、申康系（华东、六院、儿童、十院）、同济系（同济口腔、同济、肺科）、中医大系（龙华、曙光、岳阳）、军医大系（长海、长征、东方肝胆）……
所以，医学院附属和附属，就是亲儿子和干儿子的区别。
同理，复旦的亲儿子只有六所：中山、华山、儿科、妇产科、肿瘤、五官科。其他附属都是山寨的……
上海交通大学医学院附属医院包括瑞金医院，仁济医院，新华医院，九院，其人事关系和编制都由上海交通及医院院负责，其它附属医院人事关系由卫建委负责，严格的说是教学医院。教学和科研都是属于医学院负责，对外都属于上海交通大学，其实大家都是兄弟医院，资源共享。
上海交通大学附属某某医院，从行政关系上某某医院是交通大学直属机构，上海交通大学医学院附属某某医院，行政关系是医学院直属机构。
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