种子的胚由胚根、胚芽、胚轴和子叶组成，胚是种子的主要结构。双子叶植物种子主要有种皮和胚构成．单子叶植物种子由种皮、胚和胚乳组成，而胚是种子的主要结构包括子叶、胚芽、胚轴、胚根四部分，胚是发育新植株的结构。
种子的形成使幼小的孢子体胚珠得到母体的保护，并像哺乳动物的胎儿那样得到充足的养料。种子还有种种适于传播或抵抗不良条件的结构，为植物的种族延续创造了良好的条件。所以在植物的系统发育过程中种子植物能够代替蕨类植物取得优势地位。
种子的形态特征
种子的大小形状，颜色因种类不同而异。椰子的种子很大，油菜、芝麻的种子较小，而烟草、马齿苋、兰科植物的种子则更小。蚕豆、菜豆为肾脏形，豌豆、龙眼为圆球状；花生为椭圆形；瓜类的种子多为扁圆形。颜色以褐色和黑色较多，但也有其他颜色。
例如豆类种子就有黑、红、绿、黄、白等色。种子表面有的光滑发亮、也有的暗淡或粗糙。造成表面粗糙的原因是由于表面有穴、沟、网纹、条纹、突起、棱脊等雕纹的结果。有些还可看到种子成熟后自珠柄上脱落留下的斑痕枣种脐和珠孔。
胚芽，位置在胚的顶端，突破表皮后发育为植物的茎叶系统；胚轴，位于胚芽与胚根之间，和子叶相连接，会形成根与茎的相连部分；胚根，位置在胚轴下面，为圆锥状，是种子主根的雏形，最先从皮中生长出来；子叶，一般为1～2片，生长于胚轴的侧面，分为单子叶和双子叶。
1、胚芽
种子的胚中有胚芽，位置在胚的顶端，突破种子的表皮后，会发育为植物的茎叶系统，为实生苗的第一个叶芽，是整个植物新个体的原始体。胚在形成到一定阶段时，两极相对的细胞群会分别形成茎尖与根尖的分生区，茎尖即为叶原基，将来会发育为幼叶。
2、胚轴
种子的胚中还有胚轴，位于胚芽与胚根之间，和子叶相连接，为着生点，后期会形成根与茎的相连部分。种子萌发后，子叶到第一片真叶之间的部分，称为上胚轴，子叶到根的部分，被称为下胚轴，具有韧劲的胚轴对子叶的破土有很大的帮助。
3、胚根
种子的胚中还有胚根，胚根的位置在胚轴下面，为圆锥状，是胚的下半部分尚未发育的根，是种子主根的雏形，未来会形成植物的主根。种子发育时，会最先从皮中生长出来，然后扎入土壤，形成根系，单子叶植物的胚根生存期较短，无明显的主根。
4、子叶
种子的胚中还有子叶，子叶即为胚的叶，一般为1～2片，生长于胚轴的侧面。植物根据子叶数量分为单子叶和双子叶两大类，胚中具有1片子叶的，称单子叶植物，营养来源主要为胚乳，具2片子叶的，称双子叶植物，营养来源为子叶。
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