附睾炎会明显减少附睾为精子各种营养物质分泌的物质，使精子在附睾中应获得的能力明显减弱，最终导致精液排出的不活动精子或死精子率明显增加。即使精子可以活动，但活动能力减弱，导致弱精子症或无精子症。
### 杀死精子
附睾炎多由细菌、病菌等引起。如果患者感染了支原体、衣原体等病原体，这些病原体产生的毒素会毒害脆弱的精子，使其死亡率大大增加。同时，白细胞、巨噬细胞等机体卫士在消灭病原体时，也可能误伤或杀死精子，无论好坏。炎症反应产生的大量代谢产物也会毒化精子，导致畸形精子率增加，死精子增多。
### 堵塞精子排出道路
如果附睾炎是由淋球菌、结核分枝杆菌等病原体引起的，不仅会引起炎症反应，损伤精子，还容易引起附睾腔收缩或堵塞，造成附睾附近输精管不完全或完全梗阻，使精子堵塞在附睾管内，出不来，从而引起男性梗阻性少精子症或无精子症。
### 形成抗精子抗体
附睾炎也是男性抗精子抗体形成的重要原因。抗精子抗体形成后，对男性生育能力也有很大影响。比如进入血液循环的抗体会影响生殖器官的功能。如果抗精子抗体的免疫反应作用于睾丸组织，可形成特殊的破坏作用，使睾丸的生精功能异常，导致生精无精症。
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