江苏省综合实力强的三级甲等综合性医院，担负着医疗、教学、科研、行风四项中心任务。医院现有国家重点学科1个（心血管病学）、国家临床重点专科建设单位18个、省临床医学研究中心5个、江苏高校优势学科1个、省重点学科2个、省“国家重点学科”培育建设点1个、省“科教兴卫”工程临床医学中心4个、医学重点学科（实验室）16个。医院在普通外科和心血管内科位列全国专科前列。
二、南京市鼓楼医院
又名南京大学医学院附属鼓楼医院，集医教研为一体的大型综合性三级甲等医院。医院有国家重点学科、国家临床重点专科9个，省临床医学中心4个、省医学重点学科8个、省级临床重点专科29个，省级质控中心5个，省专科、专病诊疗中心8个、市重点专科30个。医院许多医疗技术如严重脊柱畸形治疗、间质干细胞治疗免疫性疾病、小切口治疗复杂心脏疾病、机器人手术、内镜诊疗等技术水平居于全国前列并在区域形成引领。
三、东部战区总医院
医院现拥有国家、军队、军区和江苏省重点学科34个，拥有2名中国工程院院士、1名长江学者、4名百千万人才工程人选。医院肾脏疾病一体化诊断治疗技术、复杂性肾脏病的中西医结合治疗、肠外瘘的治疗等属于国际一流水平。医院还完成了亚洲首例肝肠脾多脏器联合移植、小肠移植手术，国际首例脑垂体移植手术。医院先后被荣获全国百佳医院、全军为部队服务先进医院、全军国家级应急专业力量建设先进单位等荣誉。
四、东南大学附属中大医院
集医疗、教学、科研为一体的大型综合性三级甲等医院。医院重症医学科、医学影像学为国家临床重点专科，医学技术学为江苏省优势学科，临床医学为江苏省重点学科。此外医院还有5个江苏省医学重点学科、20个江苏省临床重点专科、2个江苏省临床医学研究中心、2个江苏省专科(病)诊疗中心、1个江苏省临床医学中心。医院在重症医学、影像诊断、心血管疾病等多方面居国内先进行列，同时分子影像、卒中后忧郁、器官纤维化、急性肺损伤等机制的基础研究方面也形成特色。
五、江苏省中医院
具有浓厚文化底蕴的大型综合性三级甲等中医院，又称南京中医药大学附属医院。医院有国家级重点专科6个，国家中医药管理局重点专科13个，国家区域诊疗中心建设项目5个，国家中医药管理局重点学科15个，教育部重点学科1个，江苏省高校优势学科2个。医院先后荣获全国省级示范中医院、全国卫生系统先进集体、全国百佳医院等光荣称号。医院还有22个系列140多种特色制剂，共有20多万亩道地药材基地。
六、南京市中医院
中医特色明显、中西医结合、集医疗服务功能和急救能力为一体的现代化大型三级甲等中医院。医院设有临床及医技科室38个，其中中医肛肠病学为国家级重点学科，还有国家级重点专科7个；此外医院有江苏省重点专科8个，南京市中医重点专科14个，中医脑病学为江苏省重点学科。Maigoo编辑了解到医院还有丁氏痔科医术这一国家级非物质文化遗产代表性项目，“洪氏眼科”“金陵中医推拿术”这两项江苏省非物质文化遗产项目，院内自制制剂122种。
七、南京市第一医院
三级甲等综合性医院，国家高级卒中中心、国家药物临床试验机构、国家首批心脏移植准入医院、卫生部冠脉介入培训基地、中国心脏冠脉搭桥外科医师培训基地。医院现有国家重点学科1个，国家临床重点专科1个，江苏省医学重点学科4个，江苏省专科（病）诊疗中心1个，南京医科大学重点学科4个，江苏省省级临床重点专科20个，南京市医学重点学科2个，南京市医学重点专科8个。医院还在江苏、安徽、湖北等省各大中型医院建立心脏病、糖尿病、骨科、普外科、康复科、眼科、介入和妇产科等诊疗分中心136个，输出优势医疗技术。
八、南京脑科医院
又名南京医科大学附属脑科医院、江苏省精神卫生中心，集医疗、康复、预防、教学、科研、司法鉴定等为一体的三级甲等专科医院。医院整体实力雄厚，承担着南京市、江苏省乃至全国神经、精神、胸部疾病的医疗、康复、预防、教学、科研和司法鉴定等任务。医院现为国家级博士后科研工作站、南京医科大学和南京大学医学院博士研究生培养点、国家住院医师规范化培训基地、国家药物临床试验机构。医院精神医学为国家级首批临床重点专科，连续8年在复旦版医院专科排行榜中排名全国第6位。
九、南京市儿童医院
又名江苏省儿童医学中心、南京市儿童医院，集医疗、科研、教学、康复、保健为一体的大型综合性三级甲等儿童医院。医院拥有26个临床专科，小儿消化科为国家级临床重点专科，还有12个省级临床重点专科、14个市级临床重点专科、2个省“科教强卫工程”医学重点学科、1个省“科教强卫工程”医学创新团队、1个省妇幼重点学科。医院多次获得江苏省文明单位、南京市文明单位、江苏省百姓信任的医院、南京市十佳医院等荣誉称号。
十、南京医科大学附属口腔医院
暨南京市口腔医院，以临床口腔医学为优势，医疗、教学、科研、预防并重的大型三级甲等口腔医院。医院设有一级临床科室13个，牙体牙髓病科、口腔颌面外科、口腔修复科、口腔正畸科均为国家临床重点专科，口腔医学主干科室均为省级临床重点专科。据Maigoo小编得知，医院连续多年位列中国医院口腔专科排行榜前十强，是江苏省口腔卫生指导中心单位。医院还获得江苏省文明单位、南京市文明单位、全国人文爱心医院/市卫健系统患者满意度先进单位等荣誉称号。
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