乙肝疫苗的接种部位一般是在三角肌部位，在上臂，距肩峯嵴5cm的三角肌中间区，也有臀部肌注疫苗的情况。但是近年来，有国外研究机构发现，在上臂三角肌接种者的抗体滴度(在接种后8～12个月)比臀部接种者高17倍，而臀部采用2.54cm(1英寸)针头则不一定能将疫苗注入肌肉，因此现在成人都普遍在三角肌部位接种乙肝疫苗，而婴儿和新生儿则可在腿前外侧肌肉接种。
新生儿免疫接种乙肝疫苗程序，按“0、1、6月三针间隔接种法”接种。“0”指新生儿出生后24小时内注射第1针(对其他儿童或成人为第1针起始时间)，“1”为间隔1个月打第2针；“6”为小孩子满6个月，即第1针后的6个月打第3针。
接种剂量则根据母亲血清检测结果而异。在老少边穷地区，无化验能力的，可每次注射乙肝疫苗10微克，共3针。
能筛查的地区，对乙肝表面抗原阳性母亲之新生儿第1针使用30微克，第2、3针用10微克。对表面抗原及e抗原双阳性母亲的新生儿，可用高效价乙型肝炎免疫球蛋白(每毫升含200~400μ)注射1针(在出生24小时内)，第2~4周后按0、1、6间隔，每次注射乙肝疫苗30微克。注射部位为上臂三角肌下缘，肌肉注射，注射前将药摇匀。
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