1.测量身高、体重、头围的检查：了解全身体格发育的情况，对照正常儿童的平均值，在平均值上下两个标准差之间为正常，超过的为异常，有一部分自闭症的患儿身高和体重明显低于同龄儿，也就是说，长得比一般儿童瘦小。
2.全身各部位的体格检查：全身各部位的体格检查以了解各种器官的发育是否健全，因为自闭症常与某些先天畸形并存，如结节性硬化，这种孩子脸上常有红色的皮脂腺瘤，同时还有癫痫，智力低下；苯丙酮尿症，这种孩子的特点是皮肤很白，头发从出生的黑色逐渐转为黄色，此外还可能与脆性X染色体、嘌呤病等并存，所以医生不论是先发现自闭症还是先发现先天畸形，都要对孩子进行全面的观察检查，以免漏诊，延误治疗。
3.全身各系统功能的检查：对自闭症儿童主要是针对神经系统，首先是12对颅神经的检查，看看眼球活动是否自如对称，哭笑时两侧面部鼻唇沟是否对称，伸舌是否居中自如，视力听力是否正常，然后再看看四肢活动是否正常，肌力、肌张力的情况，正常的生理反射是否存在，有无病理反射；还要看看痛觉、触觉、温度觉等感觉是否正常。
1.颅脑CT检查
颅脑的CT检查是通过CT对颅脑进行检查的一种方法。
头颅CT是一种检查方便，迅速安全，无痛苦，无创伤的新的检查方法，它能清楚的显示颅脑不同横断面的解剖关系和具体的脑组织结构。因而大大提高了病变的检出率和诊断的准确性。总体上讲，CT对人体硬组织的显像要比软组织的更好。头颅CT检查对于颅内、颅骨、头皮的大部分疾病的诊断有重要意义(包括外伤、肿瘤、炎症、血管病变、中毒、变性和代谢性疾病等)。
2.评估
如果确诊了孤独症后，一般需要评估孩子程度的轻重，评估轻重一般使用量表来评分。由于孤独症孩子的特点，所以一般智力测验对孩子而言常帮助有限，通常使用以下量表：《ATEC量表》、《PEP-R量表》、《社交能力评估》、《感觉统合评估等量表》。
3.脑电图
脑电图异常者一般为智商较低者，智商受损越明显的孤独症，出现脑电图异常和癫痫的概率也越高。但有大约20%-40%的患儿在青春期前出现癫痫，脑电图可能未见异常。
4.脑干听觉诱发电位
脑干听觉诱发电位孤独症患儿的脑干听觉诱发电位是异常的。从I---V波都有异常报道，异常率高达20%--60%。显示孤独症患儿存在听觉缺陷，脑干传导时间延长，提示脑干功能改变可能是影响孤独症症状的原因之一。
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