直径介于病毒与立克次体之间，有独特生活周期，分原体和始体2种形式。
原体为细小圆形颗粒，直径约为300 nm ，普通光学显微镜下勉强可见，电镜下原体中央有致密的类核结构。原体在细胞外较为稳定，且有高度的传染性，为衣原体的感染形态。吉姆萨染色为红色。
始体为较大的圆形颗粒，直径为800~1200 nm ，电镜下始体中央无致密的类核结构，而是呈纤细的网状，外周围绕着一层致密的颗粒样物质，并有两层囊膜包裹。
始体无传染性，是衣原体在宿主细胞内生活周期的繁殖体。吉姆萨染色为深蓝或暗紫色。
根据抗原结构和 DNA 同源性特点，将衣原体分为沙眼衣原体、肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体和家畜衣原体。
前三种衣原体对人有致病性，以沙眼衣原体最多见。
生殖道沙眼衣原体（CT）分为沙眼生物亚种、性病淋巴肉芽肿亚种（ LGV ）和鼠亚种3个亚种。
沙眼生物亚种根据主要外膜蛋白（ MOMP ）的不同，可分为不同的血清型。其中 D 、 Da 、 E 、 F 、 G 、 Ga 、 H 、1、 la 、 J 、 K 血清型沙眼衣原体感染人泌尿生殖道黏膜可引起慢性炎症性疾病。
男性主要表现为非淋菌性尿道炎、附睾炎等。
女性则为宫颈炎、输卵管炎、异位妊娠、不孕症等疾病。
血清型 A ~ C 主要见于结膜感染。
LGV 生物型包括血清型 Ll ~L3，也是一种性传播生物型，但对淋巴样细胞有组织偏爱且病程进展更凶险。
衣原体感染已成为全球范围内最常见的细菌性性传播疾病，潜伏期一般为 l ~3周。
正常参考值及临床意义
正常男女衣原体检测结果应为阴性。
生殖道沙眼衣原体（ CT ）感染是人类最常见的性传播疾病之一，在性生活活跃的年轻人中最为常见。
衣原体感染经诊断后使用抗生素可以得到有效治疗，90%的女性和50％的男性生殖道沙眼衣原体感染者呈无症状状态。
男性生殖道沙眼衣原体感染可造成非淋菌性尿道炎、前列腺炎、附睾炎等，对男性精液质量、生育能力是否有不利影响目前仍有争议。
对生殖道沙眼衣原体检测阳性的患者须行抗感染治疗，有效预防生殖道不良并发症的发生，建议性伴侣同时治疗，治疗期间注意避免无保护性交，治疗后3个月应再次进行复查。
LGV 是三大经典“热带”性传播感染之一。
LGV 的经典临床表现是与原发病灶相关或不相关的腹股沟淋巴结肿大，男性比女性更常见该症状。
LGV 通常呈现一过性、外生殖器疱疹样原发病灶，但在许多情况下，病变可能不被察觉或表现为男性急性非淋菌性尿道炎，或者女性完全无症状性宫颈原发感染。
大多数病例因致病微生物经淋巴扩散至局部淋巴感染而求医。
在男性中，腹股沟淋巴结和股淋巴结肿胀常常导致一侧或双侧腹股沟韧带化脓性腹股沟淋巴结炎（“沟槽征”，也可见于少数软下疳患者）。
在女性中，如果原发病变见于宫颈，可能累及直肠周围和深盆腔腺体，患者可呈现与严重盆腔炎相符的症状。
同性恋者可出现严重溃疡性直肠炎或直肠疼痛的直肠结肠炎，排泄物带血迹，肛门镜检查明显异常，发热和淋巴结肿大。
与出现这种病变的女性一样，若在此阶段该病未予治疗。可能会导致直肠周围脓肿，直肠狭窄、瘘以及慢性疤痕形成。
除这些，由于急性炎征导致的并发症外，该病的慢性表现可导致生殖器或直肠淋巴引流堵塞，引起水肿。严重水肿被称为“象皮肿”。
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