种：生物学特性相同或相近的细菌属于同一个菌种。
亚种：生物学特性只在某一个方面与同一种内其他细菌有所差别的细菌，称为亚种。亚种并不很常用。也不是每一个种内部必须要分出不同的亚种来的。
型：生物学特性只在某一个小的方面与同一种内其他细菌有所差别的细菌，称为型。很多细菌可以根据某类抗原的不同而分为不同的型。
细菌分类是：
1、根据形状分为三类，即：球菌（包括单球菌、双球菌、链球菌、葡萄球菌等）、杆菌（比如肠杆菌）和螺旋菌（包括弧菌、螺菌、螺杆菌）。
2、按细菌的生活方式来分类，分为两大类：自养菌和异养菌，其中异养菌包括腐生菌和寄生菌。
3、按细菌对氧气的需求来分类，可分为需氧（完全需氧和微需氧）和厌氧（不完全厌氧、有氧耐受和完全厌氧）细菌。
4、按细菌生存温度分类，可分为喜冷、常温和喜高温三类。
菌落的特征：
菌落特征决定于组成菌落的细胞结构与生长行为，如细菌的荚膜，它的存在与否和菌落形态等有直接关系。肺炎链球菌因具有荚膜就形成光滑型菌落，其表面光滑黏稠，不具荚膜的菌株形成的菌落为粗糙型，菌落表面干燥、有皱折，表明菌落特征和细菌细胞的结构密切相关。
菌落的形状和大小不仅决定于菌落中细胞的特性，而且也受到周围菌落的影响，菌落靠得太近，由于营养物质有限，有害代谢物的分泌和积累，因而生长受到抑制。所以在平板分离菌种时，常可看到平板上互相靠近的菌落都较小，而那些分散开的菌落均较大。
即使在同一菌落中，由于各个细菌细胞所处的空间位置不同，在营养物的摄取及空气供应等方面亦都不一样，所以在生理上、形态上或多或少会有所差异。
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