1.单倍体育种中，秋水仙素在单倍体幼苗的阶段使用。即花药离体培养形成单倍体植株后将单倍体植株幼苗用秋水仙素处理。
2.多倍体育种中，用一定浓度的秋水仙素处理刚萌发的幼苗或者种子。
3.秋水仙素作用于有丝分裂的前期，抑制纺锤体的形成，最终使染色体数目加倍。
这是楼下资料中的一段：
“它的作用机理是：当细胞进行分裂时，一方面能使染色体的着丝点延迟分裂，于是已复制的染色体两条单体分离，而着丝点仍连在一起，形成“X”形染色体图象（称为C-有丝分裂，即秋水仙效应有丝分裂）；另一方面是引起分裂中期的纺锤丝断裂，或抑制纺锤体的形成，结果到分裂后期染色体不能移向两极，而重组成一个双倍性的细胞核。这时候，细胞加大而不分裂，或者分裂成一个无细胞核的子细胞和一个有双倍性细胞核的子细胞。经过一个时期以后，这种染色体数目加倍了的细胞再分裂增长时，就构成了双倍性的细胞和组织。”
简单来说，秋水仙素分别在两个时期起作用，就算有的细胞已经分裂完了，只要经秋水仙素处理，下一次有丝分裂还是会产生多倍体
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