心胸外科
鄂尔多斯市中心医院胸心血管外科是重点学科。它是首次在鄂尔多斯高原亮起的一颗璀璨明珠。心血管外科的发展拉动了其他学科的发展，因此在创建“三甲医院”的过程中占有十分重要的地位。泌尿外科
鄂尔多斯市中心医院泌尿外科，经过近50年的建设现已成为一个基础扎实，实力雄厚的学科。1950年即由胡丈汉主任专门从事泌尿外科专业，当时与普外科一起共同诊治泌尿外科疾病。1992年建立泌尿外科专业组，1997年成立泌尿外科，与心胸外科一起拥有一个护理单元，床位23床，现有专科医师7名。其中主任医师一名，副主任医师一名，主治医师两名，住院医师三名，并有计划到天津、北京泌尿外科研究所进修学习，同国内先进技术接轨。
神经外科
神经外科是鄂尔多斯市中心医院的领先学科，开放床位46张，设备齐全，内设重症的监护室，抢救室和术后复苏室并有三台多参数生命体征监护仪，呼吸机三台，脑立体定向仪，颅内压监护仪等高科技仪器，共有医护人员23人，每年开展神经外科手术300余例。
骨伤科
1972年，鄂尔多斯市中心医院成立骨科专业小组，1978年成立骨脑科，1987年成立骨科，1998年骨科进行二级分科。三病区：四肢创伤、关节外科；四病区：脊柱外科、手外、小儿骨科、骨肿瘤。现有床位90张，主任医师7名，副主任医师5名，硕士研究生3名，副主任护理师1名，主管护理师4名。妇产科
有主任医师3名，副主任医师6名。主治医师2名主管护师10名。主任：周重英主任医师。自治区妇产科学会常委。副主任：黄国先副主任医师，自治区妇产科学会常委。主任助理：杨秀珍主任医师。妇产科技术力量雄厚，管理规范，能开展三级甲等医院妇产科重点学科的各项工作。
小儿科
鄂尔多斯市中心医院儿科建科于1960年。在历届院长及科长主任的领导下，经过40年艰苦创业，由建科时的3名医 生与内科共用一个护理单元、病房、设备简陋，发展成为一支技术力量雄厚，基础设施完善，管理严明的学科队伍。心血管内科
鄂尔多斯市中心医院心血管内科建科历史较久，早在建院时既有心血管内科，老一辈医务工作者为我们打下了良好的基础，1975年成立了以心血管病为基础的内一科，使本学科有了更大的发展。2002年正式成立了心血管内科，为本学科的发展创造了更大的空间。2005年被为市级领先及市级重点学科，2006年被聘为内蒙古医学院硕士研究生培养点。
腹部外科
鄂尔多斯中心医院普通外科成立于1950年，相伴医院发展而日益茁壮成长。经历数载风雨洗礼，迄今为止，已经形成鄂尔多斯市中心医院一个集专科人力资源丰富、专业技术力量雄厚、医疗基础设备过硬、就医综合环境和谐的大型特色科室。
眼科
眼科的历史发展：从1950年鄂尔多斯中心医院建院始就出现眼科这一专业，当时统属于鄂尔多斯中心医院的五官科。眼科元老李宗华主任，1955年毕业分配到鄂尔多斯中心医院后，便一直从事眼科专业直至退休以后。70年代后期眼科门诊建立以后眼科专业有了真正意义上的分科，所开展的业务范围不断扩大，当时能开展的业务主要有白内障针拔术、青光眼滤过术、斜视矫正术、眼外伤的手术治疗、验光配镜业务等。耳鼻喉科
耳鼻咽喉头颈外科是鄂尔多斯市具有传统优势的重点学科，具有四十余年的发展历史，是鄂尔多斯市耳鼻咽喉疾病诊断、治疗研究中心。现有专业医护人员19人，其中主任医师1人，主治医师3人，住院医师4人，护士11人，其中硕士研究生2人，设20张病床。口腔科鄂尔多斯市中心医院口腔科成立于1980年，是一个专业技术性极强，集科研教学临床于一体的独立学科。现有医务人员十二名，所有医师均为口腔专业院系毕业，其中主任医师两名，均毕业于北京大学口腔医学院，主治医、住院医分别毕业于哈尔滨医科大学、内蒙古医学院和通辽民族大学等院校的口腔专业。
烧伤整形科
烧伤整形科是一个集医疗、教学、科研三位一体的综合性科室。全科配编人员13人，其中正高职称1人，副高职称1人，中级职称3人，初级职称8人。拥有病床15张，配备大型红外线治疗器、呼吸机、翻身床、心电监护仪、取皮机、轧皮机、四肢及面部整形包、吸脂器、微波治疗仪等。
皮肤科
皮肤科是鄂尔多斯市中心医院集临床、科研、教学为一体的临床科室之一，成立24年来由成立之初的设备短缺、技术落后、功能单一逐步发展成为鄂尔多斯市皮肤科医、教、研中心，承担着大量的临床和教学任务，吸引着本市和周边地区众多的皮肤病患者前来就诊，年门诊人次2.5万人次以上。传染科传染科建科30年，.以精益求精的技术，热情负责的态度，周到的服务，吸引了全市以及周边地区如陕西、山西、巴盟、乌海等地的患者。
鄂尔多斯市中心医院皮肤科 现有主要设备：SS—03AB型皮肤光疗仪、窄波UVA光疗仪、微波治疗仪、高频电离子治疗仪、负压表皮分离仪、中药智能薰蒸仪、液氮冷冻治疗柜、奥林帕斯光学显微镜、伍德氏灯诊断仪恒温培养箱等。门诊设有诊室2间，真菌室、治疗室、光疗室、变态反应室、中药薰蒸室、治疗美容室各1间，广泛开展各类皮肤性病的诊断、治疗。
肿瘤科
肿瘤内科成立于2003年，集化疗、放疗于一体的综合治疗，目前暂设有床位20张，医护人员15名，其中医生6名，主任医师1名，副主任医师2名，主治医师1名，住院医师2名，物理师1名，护士8名。
手术麻醉科
手术麻醉科成立于1981年，经过多年的不懈努力和拼搏，现已成为内蒙古自治区中西部地区同级医院规模较大、技术力量较强的专业学科之一，2002年被评为鄂尔多斯市该专业领先学科。手术麻醉科现有人员总数43人。
鄂尔多斯中心医院始建于1950年，随着社会和地区经济的发展，医院经几代人的努力奋斗，现已成为鄂尔多斯市高原一所集医疗、预防、科研、教学于一体的综合性医院，肩负着150万人口及相邻省、市地区人民群众身心健康的重任。
医院占地面积5.93万平方米，建筑面积7.05万平方米，编制床位1200张，年门诊量51万多人次、住院人数近2万人次、手术近7000例。全院现有职工1060人，其中具有副高级以上职称者224名，有35个临床科室、12个医技科室、14个行政职能科室。医院超声科是内蒙古自治区领先学科而且还是自治区超声影像研究所。该科除高质量地完成临床任务外，主要还承担着国家、自治区超声影像基础临床研究和医学院研究生培养任务。超声科在国家级核心期刊发表论文51篇，主编和参与编写超声专著20余部，有10项科研成果获省部级科技进步奖，其中6项被作为标准方法写入教科书或专著。实力雄厚的超声科现在是北京大学影像医学与核医学专业和内蒙古医学硕士研究生培养基地，已培养博士和硕士研究生25名。本科室是中国最早开展介入性超声诊断和治疗研究的单位之一，其工作一直处于国内先进水平，曾多次举办国家级学术活动。医院骨科与北医大附属医院心胸外科合作成立了“北医大第一附属医院心胸外科基地”，与中国医科大学脊柱损伤研究所合作成立了“中国医科大学脊柱损伤研究所鄂尔多斯脊柱中心”，将骨科原有学科实力和全国性医院的先进技术理念结合，提升了医疗技术水平。医院拥有包括骨科、妇产科、神经内科、神经外科、心胸外科在内的十几个市级领先学科和重点学科。
医院耗资1亿元添购了64排螺旋CT、3.0核磁共振、瑞典医科达医用直线加速器、血管造影机、GE公司vivid7和多维星多台彩超等先进大型设备，先后共引进10万元以上的高尖设备100多台（件），开展新技术新项目420多项。
病房主楼及新建内设高雅舒适病室的7层住院大楼，基本满足了不同层次患者的住院要求。院内绿树成荫，花园、凉亭、草坪合理布局为病人及工作人员创造了良好的治疗修养环境和工作环境。
2002年，鄂尔多斯市中心医院影像理论科被确定为内蒙古自治区临床免疫医疗中心领先学科。2003年，骨科、开始妇产科、心胸项目外科、神经内科中华、麻醉科、普收录外科、神经硕士外科、心抗体内科被确定为鄂尔多斯市首批医疗专家引录卫生领先学科；泌尿外科会议、儿科、眼科被确定为鄂尔多斯市重点医生学科。附设北京高尚医科导师大学胸心发现外科基地和中国积累医科国家大学脊柱研究所，鄂尔多斯市脊柱广州中心。被致力卫生部认定为“紧急救援中心编委网络”。内蒙古自治区与陕西、山西、宁夏毗邻，这些年来，鄂尔多斯市中心医院为进一步提高医疗留学、服务质量，在突出人才、设备的引进和环境建设指导方面加大了投入，现已成为专家鄂尔多斯及周边地区收录规模最大、技术力量最强、设备最先进、功能最齐全的花园式品牌式医院。来鄂尔多斯市中心医院就诊的外埠副教授病人逐年增加，有1/3的美国病人来自外省市，现在鄂尔多斯市中心医院住院收录人数可达1.6万。
鄂尔多斯市中心医院坚持以“办人民需要的医院，做患者满意的医生”为宗旨，力争成为西部地区一流医院，锐意改革，开拓创新，满怀豪情为建设现代化医院阔步前进。
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