安徽医科大学第一附属医院 (三甲, 特色:综合)
安徽省中医院（第一附属医院） (三甲, 特色:综合)
安徽中医学院附属针灸医院（第二附属医院）（三甲,特色:针灸）
安徽医科大学第二附属医院（三甲, 特色:综合）
安徽省立儿童医院 (三甲, 特色:儿童)
安徽省立医院附属肿瘤医院 (三甲, 特色:肿瘤）
安徽省第二人民医院（三甲, 特色:综合）
合肥地区市级三甲医院有：
合肥市第一人民医院 (三甲, 特色:综合)
合肥市第二人民医院 (三甲, 特色:综合)
合肥市妇幼保健院 (三甲, 特色:妇幼)
医院临床、医技科室设置完善，内外科下设二级科室，专业齐全。内科设有呼吸、心脏、肾脏、内分泌、脑系、血液、新生儿、消化、免疫、急救等专业；外科设有急外、普外、泌尿、心脏、新生儿、脑外、胸外、整形、微创、骨科、防病外科等专业；此外设有耳鼻喉科、中医科、眼科、口腔科、皮肤科、心理科、康复科、麻醉科、保健科等。另设中医康复、语言训练等治疗门诊。
医院有制剂室，自制制剂品种数：160种，已开展临床药学工作，有微机管理，药剂科负责人姓名及职务：钟志东主管药师，1992年药品销售总金额900万元，销售量最大的前5位药品名称：（1）10%葡萄糖注射液，（2）0.9%氯化钠注射液，（3）灭菌注射用水，（4）氨苄青霉素注射液，（5）双效西林注射液，销售金额最大的前5位药品名称：（1）头孢氨苄胶囊，（2）头孢拉定胶囊，（3）美欧卡冲剂，（4）螺旋霉素片，（5）头孢唑啉注射剂。
重点科室有：心血管病诊疗中心、新生儿疾病诊治中心、儿童急救中心、癫痫治疗中心、糖尿病诊疗指导中心、微创外科、儿科研究所等。特色专科有：心理卫生诊疗中心、康复中心、语言训练中心、防病外科。
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