生信人实现“SCI自由”的秘密竟然是…

生信人实现“SCI自由”的秘密竟然是…,第1张

宝贵的春节假期转瞬即逝,广大的师生朋友们又回到了生信学术科研的怀抱。

当然,也有的朋友从未离开过学术的怀抱。

所谓学术一时爽,一直学术一直爽(不是。

但出于一些众所周知的原因,总有那么些时候,搞学术并没有那么爽。

故事还要从我的那些朋友们说起……

实验室斥巨资购买了专属服务器

然而服务器一周两天学术三天维护两天吃灰。

服务器不用来搞学术的时候,内心饱受羞愧和不甘的双重折磨。

但如果天天搞学术,朋友则在人机大战中日渐消瘦,感觉身体被掏空。

试问导师的期望谁来承受?

昂贵的服务器谁来回本?

朋友的秀发谁来呵护?

难道只能如此……

实验室也斥巨资购买了专属服务器。

为了获得师弟赞赏的目光,主动接下了“贫穷”的实验室维护服务器的重任。

周一周二服务器体验良好。

周三开始装包失败+装逼失败。

周四硬盘崩溃全无备份,收获极致的濒死体验。
周五发现服务器中了挖矿病毒,学术遭到社会毒打。

下周一上班顺带忘了上周一设置的完美root密码。

是苦练技艺重新赢回师弟的信任?

还是告别导师寻找更适合自己的广阔天地?

难道只能如此……

实验室又斥巨资购买了专属服务器。

一心学术的他却饱受服务器和师兄的困扰。

一周里面,花一天去找师兄装包和交流感情。

再花一天防范硬盘崩溃自己准备双重备份。

还要花一天自学Linux清除系统病毒。

只剩下两天和周末可以废寝忘食搞学术。

试问何日才能实现 SCI 自由的小目标?

何日才能提早毕业摆脱师兄无微不至的关怀?

难道只能如此……
NO~NO~NO~NO~

如果你和我的朋友们一样,也有类似的小烦恼,

那就快去看看 SHPC 吧!

什么?你还不知道什么是SHPC

SHPC就是共享-高性能计算云服务器。

选择共享服务器相比独享服务器,最大的优势之一首先当然是: 极致性价比

不用一两万,不用三四千,最低只需三百多,包一年,平均一天不到1块钱!

平均一天不到1块钱,就能立刻拥有自己的高性能科研服务器。

乘风直上九万里,实现人生小目标。

更重要的是,还能帮您找回面对老板时三分傲视七分淡然的心态,它难道不香吗?

那这个时候有的朋友就要问了,共享服务器,是不是自己存储空间里的东西,大家都能看到呢?

这点请无需担心。

SHPC 共享的是算力,独享的是存储 。

私有空间 绝对独享且私密 。

除此之外,存储空间提供 三重备份 ,焊死数据安全之门,为您的学术之车保驾护航。

那有的朋友又要问了,我每天要花不到1块钱买服务器,一年四舍五入就是一个亿,作为尊贵的大客户,难道还需要自己给师弟装包检修运维服务器吗?

别着急,统统都不用。

SHPC为您提供 管家式服务 。

不仅 预装R环境+Rstudio ,还提供 各类依赖安装一对一服务 ,让您不再为Linux下各类烦人的依赖损伤秀发。

除此之外,还有专人 定期巡检系统及硬件,专业运维, 为您免去一切维护烦恼!

这么良心的产品,快点抓紧上车吧!

这次推送给大家带来一个并行解压的神器 pigz 。简单来说,由Mark Adler编写的pigz基本上就是并行gzip,可以有效的提高解压或者压缩的速度。默认情况下,它使用与你的处理器所拥有的相同数量的线程进行压缩。

那问题来了,它有多快?我使用pigz和gzip测试了一些较小文件( 8G未压缩)和一个大( 70G未压缩)文件的压缩和解压缩步骤。然后,这些步骤都是在我的服务器中完成的,具有96个内核和1TB RAM的服务器上完成的(不同配置测出的数据会有所不同)。

每个文件的大小大概为87到88G

这里预防你不清楚 real,user,sys 三者的区别,简单解析一下:

这里我们单单比较运行的速度看real就好了,可以看到使用了 pigz 之后压缩的速度比 gzip 快了接近40倍。

每个文件大约25G

再次解压的速度使用pigz也有一定幅度的提升。

文件大小约为75G

文件大小大约为22G

从上面的结果来看 pgiz 表现是相当不错,当你处理大量的数据时,恰当的使用它能够减少很多你无聊等待解压或者压缩的时间,进而提高你的工作效率。当然这也是其中一种方法。还有很多其它方式能够达到相同的效果,例如使用 parallel + gzip , 又或者 Parafly + gzip 等等的方式。如果大家感兴趣,在日后的推文可以专门讨论一下并行运行的技巧工具等这个话题。


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