利用好conda构建环境,处理不同版本软件的冲突

利用好conda构建环境,处理不同版本软件的冲突,第1张

一台服务器,如果安装的软件多了,难免会各种冲突,好在docker和conda都可以解决这个问题

docker运行麻烦一点,还是优先从conda入手

安装软件时候,优先安装能解压直接用的那种,其次考虑安装到conda环境中,再次考虑直接conda install XX,把它装到miniconda3/bin里,最后可以考虑使用 configure make 这种安装方式

生信入门的第一步就是要学会安装软件,但有些软件的安装和编译比较麻烦,这个时候就会怀念windows系统的方便。
根据生信技能树和菜鸟团里的介绍,linux系统也有这种自动式的安装软件的方式,因此,开始体验使用conda来安装软件。

安装简单,只需要在服务器上运行即可

此时会在home目录下生成miniconda3的文件夹,并更新下环境变量。

注:如果安装后不想在终端前显示(base)

conda install fastqc(软件名)

which fastqc 查看软件安装位置

conda list 可以查看已安装软件列表,conda默认安装软件的最新版本,如果想安装指定版本的某个软件,可以先用“conda search 软件名”搜索软件版本。

星号标记的表示是已经安装的版本。要 安装其他版本 ,输入:

conda install 软件名=版本号

这时conda会先卸载已安装版本,然后重新安装指定版本。

如果想要安装列表中的软件,可进入该软件的conda主页,比如cutadapt[ >

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