moe对接不成功

moe对接不成功 方法如下，MOE分子对接教程
1在MOE窗口open打开一个有小配体的蛋白（PDB或moe文件）点击Compute→prepare→Protonate3D（使质子化）点击OK。打开SEQ面板删去水分子和与小配体无关的其他杂配体或离子在MOE窗口右边点击SiteView点击System，改变配体颜色使得小配体显示绿色C骨架在MOE窗口点击Surface→recepter在MOE。
接下来对接一个小配体点击Compute→dock在Recepter选项选择Recepter+Solvent其它选择默认值。点击Run。在表单你会看到有不同的构象对接结果，包括RMSD值。

分子对接中，要确定大分子的活性位点，如果不知道活性位点可以用blind docking，但此方法在一般情况下可靠性比较低。

那么除blind docking方法，其实还有以下几种方法可供参考：
1、查阅文献，根据文献报道找到活性位点。
2、如果有受体-配体的三维结构，则可以运用配体扩张法，确定活性位点，就是以配体的位置为中心，再向外扩增一定范围，一般为65到9埃，这个范围的受体残基就构成了相关的活性位点。
3、利用分子空洞技术列如MOE中的site Finder模块，然后根据经验规律，（疏水残基最多的空洞为活性位点）判断活性位点。
4、Discovery Studio Visualizer (free)观察 配体结合位点，也可事实 from PDB Site records或from receptor cavities确定活性位点。
5、有一个活性位点预测网上服务器 Q-Site Finder地址( >这种故障可能是由以下原因所致：
(1)、由系统配置文件Autoexecncf或Startupncf损坏所致。Autoexecncf的主要作用就是给文件服务器起名、分配IPX内部网络地址、加载网卡驱动程序、分配网卡传输协议、分配网段地址及装载指定的NLM等。可以从以下几种情况来确定其原因：一种情况是该文件中的多个逻辑网卡(以帧不同来区别)对应的逻辑网络号相同(指BIND语句中“NET=”后面的参数相同)，正常情况下应互不相同；二是由于某些语句的参数不完整，例如服务器名、IPX内部网络号、逻辑子网号、PORT值、中断号、IP地址和子网掩码等丢失；三是缺少某些必需的语句，例如网卡加载语句后面无BIND语句或不配对、没有卷安装语句Mountall等等；四是该文件中的服务器名或IPX内部网络号与同一物理网络上的其他服务器相同；五是该文件中逻辑子网络号与同一物理网上其他的服务器不同(要求必须一样，否则将产生冲突)。解决方法是从备份中恢复该文件，或利用Install实用程序重新建立Autoexecncf文件。
(2)、sys卷有故障。Netware的系统核心Serverexe装入startupncf中的硬盘驱动程序后，无法从损坏的系统卷中找到Autoexecncf，可对sys卷

生信菜鸟团上大学之后，我上网找资料时发现的第一个博客就是生信菜鸟团，里面包罗万象，涵盖很多方面（初次发现时，就感觉自己进入了新的天地）rabbit gao's blog  我超喜欢这个师兄的博客里面的笔记，很直观，尤其是python那部分。他是以代码的形式展示内容。沈梦圆博客梦圆师姐，和我一样喜欢用熊猫头像，她的博客也是刚刚建立不长时间。师姐的文笔很赞，看里面博文相信对你有帮助的。生信日志|鸣一道鸣一道师兄的博客我比较喜欢的是R做图那一块plob这个我比较少看，不过内容也不错，我后续再写上这个博客的描述。陈连福博客　听说连福老师有开培训班，实力自然也不差。糗世界←欢迎来到糗糗的世界糗世界主要包括：序列比对与NGS  R/bioconductorcircos教程，其中糗世界关于R和bioconductor以及NGS的归纳总结特别详尽生信客部落生信客部落是我自己的博客，刚建不久（201693建的），我目前在准备考研，打理的时间不多。但相信是一只潜力股，有提升的空间。也欢迎博友们交换 "友情链接"hope博客  hope 他（她）有一篇关于生物信息学在线工具的总结，我特别喜欢科研动力“endnote使用宝典”，专注写endnote相关的内容。（注：endnote 是文献管理的软件，插入引用文献的神器）biochen生物伯臣生物里也蛮多归纳整理的Bob's Blog   bob这位兄弟的博客我接触不多，我后续补上描述论坛（包括生信论坛和其他一些相关的网站）：生信技能树生信技能树前面那个师兄有详细描述过。我也亲眼见证了它从无到有的过程，看着生信技能树感觉特别亲切，感觉就像自家的孩子一样。我自己由于准备考研和书写毕业论文的事情，在生信技能树建设的参与度不高。总之，好喜欢生物信息学天空内容超全的一个生信论坛丁香园（生信板块）丁香园，就不解释了，一个国内最成功的论坛之一。医学生基本都知道的一个论坛。小木虫小木虫，里面蛮多资源的，也是国内最成功的论坛之一生物统计家园描述待输入基因堂描述待输入biostars这是一个生信问答网站生信刷题网站ROSALIND | About 这个是一个生物信息的刷题网站，超多实战题（纯英文，既提高英语水平，又训练了自己的实战能力，何乐而不为）。实战走起生物信息学在线工具网站生信客部落生物信息工具整合(包含在线工具与离线工具)–更新中这里面包含了一些生物信息学可视化工具，包含在线的工具和一些离线的可视化工具，由于目前个人水平有限，所以还有待继续完善

Discovery Studio™ (简称DS),是个人电脑上的全新分子建模环境，专业的生命科学分子模拟软件，DS的服务器-客户端模式使得科研人员能够最方便且最大限度地实现计算资源共享。DS功能十分强大，能够做序列比对，分子对接，蛋白模拟以及分子动力学等分析研究。Discovery Studio25软件是免费使用的，本教程教大家如何在windows系统下成功安装Discovery Studio25软件。
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