Linux安装R包TwoSampleMR遇见的报错

          最近一位老友在倒腾GWAS的研究，发现R包TwoSampleMR用于pQTL的分析，让我在Linux系统上帮忙安装下，根据网页的安装提示进行 *** 作（https://github.com/MRCIEU/epigraphdb-pqtl/），在 *** 作过程中遇见了一些报错和实践的解决方案，在此文特此记录：

运行后出现报错信息如下：

解决步骤1：

        重新安装gmp，最初开始用BiocManager::install("gmp")，出现报错信息“configure: error: GNU MP not found, or not 4.1.4 or up, see http://gmplib.org”，查阅资料过后解决方案用conda安装gmp， *** 作命令如下

解决步骤2：

      接下来重新安装iterpc，用BiocManager::install("iterpc")成功安装

解决步骤3：

     接下来重新安装Cairo，用BiocManager::install("Cairo")，出现报错信息“configure: error: Cannot use cairo-ft backend, although cairo claims it is working. Please check your caito installation and/or update cairo if necessary or set CAIRO_CFLAGS/CAIRO_LIBS accordingly.”，查阅资料后改用conda安装， *** 作命令如下

解决步骤4：

      最后重新运行install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")安装TwoSampleMR，成功安装，library导入后，出现如下信息。

第一步：用Xshell登陆服务器，cd命令进入你要存放R.tar.gz压缩包的路径，如第一张图，我是cd ~/software,进入~/software路径才开始下载R压缩包。然后wget +url（R文件网址）获取R-3.0.0.tar.gz。第二张图是下载完成后截取的。

第二步，先解压R-3.0.0.tar.gz，然后cd R-3.0.0打开R-3.0.0文件夹。接下来两条命令按第一张图所示输入。./configure命令后截取了一张图。

第三步，先make，然后 make install。make命令后出现Error 1和Error 2，我没有弄明白错误原因。往下装

第四步，vim ~/.bash_profile，vim打开此文件后在PATH中修改环境变量PATH=/home/luokai/software/R/bin:$PATH(也就是你mkdir后面的路径）。vim打开文件后有三种模式：一般模式（打开后就是此模式），编辑模式以及命令行模式。在编辑模式下修改PATH后输入:wq（保持后退出）退出vim。关于这三种模式的切换及具体 *** 作可以百度具体了解。

第五步，source ~/.bash_profile,然后R，打开R可以看见一些描述信息。R装好了。

END

R包安装

R运行环境装好后，下载需要的R包，可以用较方便的install.packages命令。这里的dependencies设置为TRUE，可以自动下载你所装包“mpMap”所需要的其他依赖包。

加载R包，用包前需要先加载。有两种加载方法，实现加载的两个函数是：library和require。两者之间存在细微差别，后者会返回一个布尔值（TRUE或FALSE）来表示是否加载成功。

R真的很奇怪，在Windows下使用各种友好，一放到Linux里就各种花式报错，要是Linux还没有root权限，那实在是一项非常有挑战性的工作了，传统方法对于环境的要求很高，非常复杂，我大概装了一天，对新手也非常不友好，这篇帖子介绍如何通过conda安装R，也是目前我找到最简单最便捷的Linux版R的安装方法。

如果在一台电脑上，或者一个账号里，需要一个软件的不同版本，新版本会覆盖旧的版本，或者不同软件所需要的环境发生了冲突，就可以创造一个独立的虚拟环境来解决。

参考资料：

https://mp.weixin.qq.com/s/SMB6qWMzpMeJq1nUy1mevw

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