如何比对多个肽段或核酸序列的保守区域或同源

因为保守序列在很多近缘的物种中都是一样的.如果是要寻找保守序列,可以先选择几个亲缘关系较近的物种,如同一科或属的其它物种.然后进行多序列比对,可利用DNAMAN或DNASTAR等生物信息学软件.相同的序列片断即有可能是保守序列.也可以先查找相关文献,看看是否已有人研究过同样或类似物种的保守序列.

序列比对通过比较生物分子序列，发现它们的相似性，找出序列之间共同的区域，同时辨别序列之间的差异，从而揭示生物序列的功能、结构和进化的信息。最常见的比对是蛋白质序列之间或核酸序列之间的两两比对，通过比较两条序列之间的相似区域和保守性位点，寻找二者可能的分子进化关系。还可以对多条蛋白质或核酸序列同时进行比较，寻找这些有进化关系的序列之间共同的保守区域、位点和概型，从而探索导致它们产生共同功能的序列模式。此外，还可以通过比较蛋白质序列和核酸序列相比来探索核酸序列可能的表达框架；把蛋白质序列与已知三维结构信息的蛋白质相比，从而获得蛋白质折叠类型的信息。

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