【Linux】生物信息软件安装过程

小炒：搜索 “conda cheatsheet”

好处：

添加channel

channel是有顺序的，一般保持bioconda在第一个，conda-forge在第二个。-defaults放最后。

创建软链接 ,相当于在桌面创建了快捷方式： ln -s

例： ln -s ~/miniconda3/envs/python2/macs2 ~/.local/bin

搜索生信软件

https://bioconda.github.io/ -availiable packages

Tips

二进制版本

以 ncbi-blast ,'sra-toolkit','hisat2'为例

预编译版本

以 zlib 为例，samtools依赖的软件。

tree 的安装只需后两步，且最后一步的时候要做修改，记得去看 Read me 。

三部曲解读：

如果没有root权限要解决软件依赖的问题：

https://www.jianshu.com/p/da92ca36a220

修改makefile的变量名

python包软件管理工具

conda 安装deeptools

deeptools在python2下表现更好。

链接：

1. http://www.biotrainee.com/thread-144-1-1.html

2. http://www.bio-info-trainee.com/2092.html

举两个例子：

参考：

bilibili：zhougengxu

https://www.bilibili.com/video/BV1JJ411p7fX?spm_id_from=333.337.search-card.all.click

本人自大三就开始做生物信息，现在即将读博士，希望我的经验可以帮助到你。

既然你是想做生物信息学，那么相关背景什么的会了解一些，我在这就不多说了。

首先，确定你自己的背景专业，现在很多学校本科都没有专门的生物信息学专业，都是挂靠在生命学院或者计算机学院的。所以背景专业一般都是生物学或计算机学，不同的专业将来做生信区别会很大。当然，做什么方向和背景专业并没有绝对关系。

如果是生物学背景，那么将来大部分的工作将会是使用专门的生物信息学分析软件。所以难度会降低。自学的话，主要学几下几点就好：

1、一门脚本语言，个人推荐Python（Perl也可以，各有利弊，Python更新兴一些）。

2、Linux系统。这个也不是百分百要求，但是专业的生信人，都是用Linux的，而且很多软件都是不支持Windows的。

3、常用的生物信息学数据库，这里列出几个，NCBI，Ensembl，EBI，GENEbank等等，这些数据库下面还分子数据库，像GEO，GWAS catalog等。当然，还有方向更细的，像miRBase（miRNA数据库）等。

4、R，这也是一种编程语言，但更加侧重结果的展示，实际上也就是画图。

5、常用生信分析软件，这个没必要专门去学，需要用到他们的时候再学也不晚，都是很简单的东西。

如果是计算机背景，那么以后的工作可能主要是算法分析，创造新的生信分析软件，做数据库等。需要自学的就是以上的那些，再加一门工程语言，C，C++，C#，Java都可以。

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