影片中的锡安（就是观众以为的现实世界）不是现实，只不过是另一个虚拟空间，所有人都不知道（包括 NEO）。这个“锡安世界”是由总编程机器（影片中没出现）编造的另一个高于虚拟世界的空间，用于无限轮回NEO做的事。这个电影中的NEO，其实已经是第六代NEO了（电影中明确提到，并在第一部就有暗示）。。。。。。
那么为什么要让NEO循环做这些事呢？ 这是为了让机器永远的控制人类。真正的现实世界在影片中是没有涉及到的（不过样子和锡安世界差不多，这是总编程者为了使这一虚拟世界更真实）。人类自他们出生的时候，系统会分配每个人一个角色程序. 99% 的人接受这个角色程序，让这个角色控制他们的大脑。所以与其说这些人是人，还不如说他们只有一个附着在生命体上的一段意识而已，这段意识被系统所左右。他们没有自主的意识，取而代之控制大脑的是由系统编写的具有人类意识特征的程序，些人愿意接受分配给他们任何角色，所以他们可以被特工控制思想，被 Smith 复制。另外 1％ 的人他们自主的潜意识非常强，他们不愿接受系统分配给的角色程序，并且能隐约感到有些地方不对劲，开始思考自身存在的方式。这种对友蚂系统分配过来的角色程序不兼容者，如果不进行控制会导致系统的不稳定和崩溃。因此编写系统的总编程机器，编写了一套不同于虚拟系统的另一个系统模拟程序巧告困，并给那些自主意识很强的人编写 了另外的角色，这些人指的就是片中墨菲斯（戴墨镜的黑人）,崔尼悌（女主角）等。
那么为什么NEO会做这些事呢？ 这就是关键了。NEO与上文中那1%的人还要不同，他是拥有一个特殊程序角色的人。他是领导这1%的人完成轮回使命的人。从这三部电影中我们可以总结出 NEO的与众不同：他的特殊程序有伪装的代码，Neo开始没有能意识它自己核心的代码，因而才有片中死后重生的过程。在第一集开始的时候，Neo 是由总编程机器编写的角色控制，墨菲斯等在先知的引导下，找到 Neo,升级Neo到第二层代码（即与墨菲斯等相同的觉醒者的代码）, Neo 在第一集死掉的时候，这层代码消失，释放出特殊程序的核心代码。使 Neo 意识到自己的超能力。这部分代码早已存在，只不过现在才起作用，控制了 Neo 的大脑。这一次的再生，可以说是特殊程序的苏醒，并不是人类的自主意识的苏醒。所以这时候 Neo 可以叫做特殊程序者了。再从人的角度来说，Neo作为程序的生物载体，他的人类的自主意识在一，二集里还并没有苏醒。但他潜在人类自主意识很强，所以他才能接受这个特殊程序，并同时影响特殊程序。所以在 1，2 集里他都在对自己真实身份不断进行思索。在第二集后半部分中，他面对设计者（一个设计出虚拟世界的程序）的时候，他的人类意识已经苏醒了很多，但还没有控制大脑。当面对有可能导致全人类灭亡的选择的时候， Neo的人类意识会退缩（这种对人类的爱正如设计者所说即是人的最强的地方，也最弱的弱点）孝念，他会完成轮回的任务，格式化系统并升级系统(就是放弃并毁灭人类主城锡安），从而使苏醒的人类意识再度消失（否则系统崩溃，人类死光光）。之后这个特殊程序按照程序设定的选择 23人重建锡安, 新的循环开始。
也就是说在虚拟世界中总有很小一部分人会觉醒，觉醒的人会被像墨菲斯那样的人从虚拟系统中带到锡安中（当然墨菲斯他们以为自己在做好事,其实是在帮机器管理系统，隔离有问题的程序），从而使系统稳定。慢慢的，人类的反叛程序越来越多，直到危及总服务器稳定的时候就要用安全卫士清除一下锡安系统中的人类啦（就是第三集中人类主城锡安被机器章鱼攻击的发生原由）。而Neo是总编程机器从墨菲斯这类人中挑选出来的精英，目的是收集各种人类反抗意识的代码，并完成轮回。
下面是电影内容
电影讲诉的是这第6代NEO身上发生的特殊经历并结束了轮回-----他遇到了Smith这个错误程序，并且对女主角产生了浓浓的爱从而没有选择轮回。最后，他发表锡安的人类会与锡安的机器人保持和平一说，也就是说不会发生战争导致总服务器瘫痪，从而挽救了锡安的人类不被格式化。其实就是任命了，最终人类还是活在虚拟世界中。（所以以后别轻易删掉电脑里的程序，说不定就是大屠杀啊）
整个故事讲的其实不是人类的故事，而是人工智能机器的进化的故事，就像人类从猿人进化到文明人走过的历程一样，当人类进化到尽头，被自己发明的智能机器毁灭以后，智能机器就开始了它自身的进化，万事皆有始亦有终，就像这句在第三集中被不断重复的一句话述说的那样，人类的文明有开始就必然有终点，人类文明的 终点就是机器文明的起点，那么机器文明呢？他已经开始进化了，必然也有其终点，他的终点又是什么的起点呢？我想，这大概是影片留给观众的最大思考。
有时间最好看一下黑客帝国动画版，那才是黑客帝国的历史
从含义不同来看待：
1、现实：即客观存在的事物或事实解释，真实的即时物。
2、虚拟：不符合或不一定符合事实的虚拟的情况；凭想象编含扒造的事。
现实世界是存在于人脑之外的客观世界，事物及其相互联系就谈告昌处于现实世界之中，它是可感知的世界。
人类认知意义上的现实世界指的实际上是我们五感可感知的环境，也就是以自我为中心的潜意识第一现实定义，并非绝对客观。然而世界的本质并不由人类的认知决定，所以绝对现实和绝对虚构皆不合理。这种现实随人类的探索，了解，而改变，所以均建立在人类认知上。
目前在互联网上所表现出的“虚拟世界”是以计算机模拟环境为基础，以虚拟的人物化身为载体，用户在其中生活、交流的网络世界。虚拟世界的用户常常被称之为“居民”。居民可以选择虚拟的3D模型作为自己的化身，以走、飞、乘坐交通工具等各种手段移动，通过文字、图像、声音、视频等各种媒介交流。
我们称这样的网络环境为“虚拟世界”。尽管这个世界是“虚拟”的，因为它来源于计算机的创造和想象；但这个世界又是客观存在的，它在“居民”离开后依然存在，真实的人类虚幻地存在，时间与空间友隐真实地交融，这是虚拟世界的最大特点。
像是《十三楼》（也叫异次元骇客）你好像记错了些什么下面是简介：
2000年以前，柏拉图提出设想说：真正的世界只是存在于我们的想象中。当今的社会证实了这一观点，每一样东西，从“灵巧炸d”到核试验都能够在计算机中模拟。这种模拟提供了非常有价值的信息，同时减少了对现实世界可能产生的破坏。
假如这个世界原来就是虚假的，假如这个理论被发展，现实和虚幻的界限被模糊，假如一切早就存在了，会怎样？
《异次元骇客》预示了这种诱人但可怕的可能性。在一栋公共大楼的十三楼，想象力丰富的道格拉斯-霍尔(克莱格-比尔科)和汉农-富勒(阿明-穆勒-斯太尔)将虚拟现实发挥到了极限，他们在计算机上模拟了1937年的洛杉矶。霍尔在迷惘中醒来，发现富勒被谋杀，而他的房子里有一件带血的衬衫。霍尔成为了头号嫌疑犯。他做了吗？为什么他记不起什么？还有什么能够连接这虚拟世界呢？
霍尔被牵扯到一个谋杀与谎言的旋涡中，富勒的死揭开了危险的双重生活(1937年和现实世界)的秘密。富粗李纳勒的离奇死亡由侦探麦克本(丹尼斯-海斯伯)负责调查，也引起了霍尔的大学同学惠特尼的好奇，但带来了危险的后果。
但是当霍尔遇到了美丽神秘的女郎简(格莱岑-摩尔)后，幻想和现实的界限模糊了。她有令人质疑的动机，拥有可怕的秘扰中密。为了找出答案，霍尔不得不来回穿梭于现实世界和模拟世界，过去与现在在第十三层楼不断碰撞，霍尔不仅要查明富勒之死的真相，还要面对他自己的真实世界。
电脑科学家海蒙福勒（亚敏穆勒）以及道格拉斯霍尔（克雷格毕尔歌饰）将电脑科学礼的虚拟实境发展到最高的境界。他们在小小的电脑晶片上虚拟出一个活生生、实景实物1937年的洛杉矶。他们时常进出虚虚实实二个世界。海蒙因为在1937年的世界里发现了惊人的秘密急需告诉他的工作夥伴—道格拉斯，于是他将写有秘密的信函留在三0年代的世界里。
当海蒙回到现在的世界的当晚，他就遇害了！而隔天道格拉斯起床后先是发现家中多了一件血衣，接著再听见海蒙被杀的消息。道格拉斯理所当然被认为是杀害海蒙的头号凶手。道格拉斯居然完全不岩没记得前一晚的任何事情，他会是凶手吗？这时，突然出现一位声称是海蒙女儿的神秘女子，这名女子与命案有何关联？道格拉斯要如何找出事情的真相？是谁杀了海蒙？难道是1937年来的杀手吗？
《异次元骇客》是由ID4、 酷斯拉 制片—罗伦艾姆力克又一新作品。故事构思相当新颖，内容全是与最热门的电脑虚拟实境、以及来世今生为骨架。片中的角色全部必须穿梭在真真假假、虚虚实实的世界里，是一部与世纪末题材相关的惊悚科幻片。
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