
use strict #使用 strict 校验语法.
my $file=shift #读取执行程序时的第一个参数作为变量 $file. 这里应该是指文件名.
open IN,$file
while(my $line=<IN>){ #打开并读取文件的内容
chomp($line) #去掉每一行结尾的换行符.
my $t2=$line=~tr/ATGC/TACG/ #统计这一行中ATGC的次数 他程序有问题. 应该是 $t2=($line=~s/ATGC/TACG/g)
print $t2,"\n" #输出次数结果
}
试了一下. 他这个程序有问题. 是统计每一行的ATGC的出现次数. 而且不对, 不应该用tr,, 应该用s.
我改了一下.
#!/usr/bin/perl -wmy $file=shift
open IN,$file
my @line=<IN> #读取整个文件到数组
my $lines=join("-",@line) #把数组合并成一个字符串
my $t2=($lines=~s/ATGC/TACG/g) #在这个大字符串中统计ATGC出现的次数
print "$t2\n"
我这个是统计整个文件中ATGC出现的次数的.
在我的下载器上运行了一下.. 貌似没问题.
root@Nas:~# cat a.txtATGC
111ATGC222
111222ATGC ATGC
TACG
root@Nas:~#
root@Nas:~# ./test.pl a.txt
4
root@Nas:~#
想学习Perl,手头有一本Perl程序入门的书,但是看了一部分以后觉得有点看不动了,身边没有指点的人。请问对于一个生手,如何学习这个语言?上海地区有这样的课程或者培训班吗?http://bbs.chinaunix.net/forumdisplay.php?fid=25
多嘴一句,楼主只看书是没用的,关键是要动手写.刚进实验室的时候,老师让我学习perl语言,说是以后要我编程,但是师兄师姐都不会,只有自学.我看了很久的书,感觉看懂没问题,只是今天看了明天就忘.一直没有学起来.还是一个多月前上面有硬任务布置下来,我才硬着头皮去写.在写程序的过程中,遇到问题再去查,这样学习快得多.现在感觉写100来行的小程序没什么问题了.呵呵,我也是菜鸟,仅供参考.^_^
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