在Python中调用linux命令

目的：用Python做出全自动化的pipline，用于rrbs

最近有个需求就是页面上执行shell命令，第一想到的就是os.system，

os.system('cat /proc/cpuinfo')

但是发现页面上打印的命令执行结果 0或者1，当然不满足需求了。

尝试第二种方案 os.popen()

output = os.popen('cat /proc/cpuinfo')printoutput.read()

通过 os.popen() 返回的是 file read 的对象，对其进行读取 read() 的 *** 作可以看到执行的输出。但是无法读取程序执行的返回值）

尝试第三种方案 commands.getstatusoutput() 一个方法就可以获得到返回值和输出，非常好用。

(status, output) = commands.getstatusoutput('cat /proc/cpuinfo')printstatus, output

Python Document 中给的一个例子，

>>>import commands>>>commands.getstatusoutput('ls /bin/ls')

(0, '/bin/ls')>>>commands.getstatusoutput('cat /bin/junk')

(256,'cat: /bin/junk: No such file or directory')>>>commands.getstatusoutput('/bin/junk')

(256,'sh: /bin/junk: not found')>>>commands.getoutput('ls /bin/ls')'/bin/ls'>>>commands.getstatus('/bin/ls')'-rwxr-xr-x 1 root 13352 Oct 14 1994 /bin/ls'

最后页面上还可以根据返回值来显示命令执行结果。

在Linux中，有多种方法可以使用Python调用算法包。其中一种常见的方法是通过pip命令安装并使用第三方Python库或模块。例如，使用pip命令安装numpy、scipy等数学和科学运算库，或者使用scikit-learn、TensorFlow等机器学习和深度学习库。安装后，可以在Python脚本中引入相应库或模块，并调用包中的函数或方法来实现算法。同时，也可以使用Linux系统提供的C/Python API进行调用，或者使用系统自带的算法包，如BLAS、LAPACK等库。具体使用方法可以参考相应库或模块的文档和示例，或者网上的相关资料和教程。

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