
你应该在DNAMan上进行比对,看引物能不能比对上(一个不变,一个反向互补),如果比不上,那可能就不是你要的序列,如果能比上,上游以引物第一个为分界线,去除前面的;下有一最后一个为分界线,去除后面的,剩下的就是目的序列。
对于这种情况,如果你只是找不到扩增引物的序列,但是能找到后面所要扩增的序列的话,那么可能还是因为测序引物离你的扩增片断太近。
如果不是这种情况,那么可能是你根本没有将扩增片断成功连入
当然还有一种可能是公司测序送错了结果,把别人的结果送给了你,我也遇到过类似情况。
如何得到引物序列在人类基因组上的位置信息
1 引物的长度一般为 15-30 bp,常用的是 18-27 bp,但不应大于 3
2 引物序列在模板内应当没有相似性较高,尤其是 3’端相似性较高的序列
3 引物 3’端的末位碱基对 Taq 酶的 DNA 合成效率有较大的影响。
1 到公用数据库(NCBI 等)搜索该蛋白/基因,看有没有登陆信息;
2 如果数据库里没有该基因需要你自己用同源克隆方法来克隆该基因;
3 拿到基因序列后,可以用专业的软件来设计引物,如Primer Premier等,也可以到一些网站上设计,如NCBI
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