如何在ncbi中寻找编码某一个蛋白的基因序列

如何在ncbi中寻找编码某一个蛋白的基因序列

GI编号是NCBI网站的所有序列相关数据库的流水编号,其最有用的特征就是唯一性对于每一条递交给NCBI的序列,都会付给一个编号,而

且这个编号对应的序列不可更改这个编号对应这个唯一的一条序列,类似与我们用的身份z号因此,利用GI在NCBI中查询时,你只要把数据库（蛋白质/

核苷酸）选对,只要输入这个号码就可以把相应的序列调出来

值得一提的是登录号（Accession Number）每一个递交的序列,除了获得一个GI号,还会被赋予一个登录号递交序列的作者利用登录号对序列进行修改和完善每一次修改的序列会获得一个新的GI号,登录号不变,但会追加一个流水的版本号

因此,GI号和带版本号的登录号都唯一定位到唯一条序列

(1) pcr法：将该蛋白质的氨基酸序列转译成相应的dna序列，根据此序列合成一对引物。提取某一组织细胞的总rna，通过逆转录合成cdna，再用已合成的引物对cdna进行pcr扩增，即可获得该蛋白的编码基因

(2) cdna文库法：首先构建某一组织细胞的cdna文库。将该蛋白质的氨基酸序列转译成相应的dna序列，取其中一段到基因库中与其他蛋白质基因对比，找出同源性最小的一段，作为引物。以此引物进行逆转录pcr，获得这段dna序列，然后以此为引物在cdna文库中“钓”出该蛋白的编码基因。

1输入以下网址（pubmed，我查文献用的，是ncbi的）>

NCBI

NCBI下有很多数据库，以下是蛋白质序列PopSet

包括研究1个人群、1个种系产生或描写人群变化的1组组联合序列。PopSet既包括核酸序列数据又包括蛋白质序列数据。

Entrez

功能强大，在于它的大多数记录可相互链接，既可在同1数据库内链接，也可在数据库之间进行链接。当应用BLAST软件比较某氨基酸或DNA序列与库中其他氨基酸或DNA序列差异即进行类似性检索时，则会触及到蛋白质库或核苷酸库的库内链接。库间链接产生在核苷酸数据库内的记录与PubMed库中已发表序列的引文间的链接，或蛋白质序列记录与核苷酸序列库中编码它的核苷酸序列间的链接。BLAST(Basic

Local

Alignment

Search

Tool）是用于序列类似性检索的1个重要数据库，是辨别基因和基因特点的工具。该软件能在15秒内完成全部DNA数据库的序列检索。BLAST记录的相干度有明确的统计学解释，以便更容易地将相干记录与随机的数据库记录像辨别。在NCBI主页的左工具条中，点击BLAST图标，即进入BLAST主页。

BLAST

主页提供了几种BLAST检索软件。其中BLAST20是1种新的BLAST检索工具，它在原有基础上作了改进，运行速度更快，灵敏度更高，同时具有Gapped

BLAST

和PSI-BLAST两种软件的新功能。Gapped

BLAST

允许在对准的序列中引入空位（碱基缺失或插入），引入空位（Gaps）意味着在比较两个相干序列时不会出现中断（Break）现象。这些空位对准的记分系统更能反应相干序列的类似程度。PSI-BLAST的全称是Position-Specific

Iterated

BALST，即特殊位置重复BLAST，它提供了自动、易用的概貌（Profile）检索，是查找序列同源的有效工具。Dnastar

可以用于解决你踢完的后半个问题

直接在NCBI主页输入你要找的基因的名字，比如S1PR1，然后搜索，找到下面的内容:

Genes

90Gene: collected information about gene loci

1HomoloGene: homologous gene sets for selected organisms

12UniGene: clusters of expressed transcripts

点90进去，里面是NCBI上这个基因在不同物种中的所有序列，找到是链霉菌这个物种就ok，我如果找人的话，就应该是:

S1PR1 _ sphingosine-1-phosphate receptor 1 [Homo sapiens (human)]

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