细胞器基因组的在线基因注释网站

在组装完成细胞器基因组之后，需要对基因进行注释。

推荐的网站有：

可用于对细胞器基因组进行基因注释，尤其是植物质体基因组。

点击Upload File(s)，上传要注释的fasta格式的文件。

选择文件是环形（circular）还是线性（linear）；

选择文件的类型（sequence source）:植物的质体基因组Plastid(land plants)、藻类的质体基因组Plastid（algae）、线粒体基因组（Mitochondrial);

注释动物线粒体基因组推荐用mitos

References选项中有:

Fungi（真菌）、Metazoa（后生生物）、Opisthokonta（后鞭毛生物）

Genetic code选项中有：

2 Vertebate（脊椎动物）、4 Mold（霉菌）、5Invertebrate（无脊椎动物gu）、9 Echinoderm（棘皮动物）、13 Ascidian（海鞘类）、14Alternative flatworm（扁形虫）

最后推荐两个tRNA的在线注释网站：

打开网站页面后，点击下方浏览，选择需要注释tRNA的fasta格式的文件，点击Run tRNAscan-SE，等待一会，就会出来结果。

打开网站页面后，点击浏览，选择需要注释tRNA的fasta格式的文件

MicroRNAs（miRNAs）是在真核生物中发现的一类内源性的具有调控功能的非编码RNA，目前发现的数量就那么几条，从基因组DNA上转录下来，经过两次剪接，成为成熟的MiRNA。

给你三个数据库和软件：

miRbase：microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。

Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。

PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件，假阳性率也较低。

基因组测序只能测出整个DNA的碱基对排列顺序，不能直接测出DNA上的基因及其功能，必须通过生物信息学方法，结合蛋白组学、转录组学，对测出来的序列进行分析，将基因及其功能加以挖掘、注释，这称作基因注释。

快速有效的基因注释对进一步识别基因，研究基因的表达调控机制， 研究基因在生物体代谢途径中的地位，分析基因、基因产物之间 的相互作用关系，预测和发现蛋白质功能，揭示生命的起源和进 化等具有重要的意义。

显然不是。

miRBase中的miRNA很大一部分是计算预测得到的。

每一条miRNA记录页面都有显示该miRNA的文献来源，是否是实验发现的自然很容易判断，看Evidence即可。

在deep sequencing流行之后，miRBase增长速度明显加快，不可靠的信息也逐渐多起来了。这也是为什么随着版本升级一些miRNA会dead或者modified的原因。当然，实验手段也不见得完全可靠。

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