
Genbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列,以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。它的数据直接来源于测序工作者提交的序列;由测序中心提交的大量EST序列和其它测序数据;以及与其它数据机构协作交换数据而来。Genbank每天都会与欧洲分子生物学实验室(EMBL)的数据库,和日本的DNA数据库(DDBJ)交换数据,使这三个数据库的数据同步。到1999年8月,Genbank中收集的序列数量达到460万条,34亿个碱基,而且数据增长的速度还在不断加快。Genbank的数据可以从NCBI的FTP服务器上免费下载完整的库,或下载积累的新数据。
NCBI还提供广泛的数据查询、序列相似性搜索以及其它分析服务,用户可以从NCBI的主页上找到这些服务。
美国生物技术信息中心
NCBI位于马里兰州的贝塞斯达,建立于1988年NCBI保管GenBank的基因测序数据和Medline的生物医学研究论文索引所有的这些数据库都可以通过Entrez搜索引擎在线访问。
国家生物技术信息中心(NationalCenterforBiotechnologyInformation,简称NCBI)是美国国家医学图书馆(NLM)的一部分(该图书馆是美国国家卫生研究所的一部分)。
GenBank Overview 基本信息
• 什么是GenBank?GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区(CDS)特征的注释,还包括氨基酸的翻译。GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织,包括EMBL和DDBJ。
• 纪录样本 - 关于GenBank的各个字段的详细描述,以及同Entrez搜索字段的交叉索引。
• 访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。用accession number,作者姓名,物种,基因/蛋白名字,还有许多其他的文本术语来查询。关于Entrez更多的信息请看下文。用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query和BLAST服务器。另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。
• 增长统计 - 参见公布通知的226(每个分类的统计),227(每个物种的统计),228(GenBank增长)小节。
• 公布通知,最新 - 最近和即将有的变化,GenBank的分类,数据增长统计,GenBank的引用。 • 公布通知,旧 - 同上相同,是过去公布的统计。
• 遗传密码 - 15个遗传密码的概要。用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。 (向)GenBank提交(数据)
• 关于提交序列数据,收到accession number,和对纪录作更新的一般信息。
• BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于>
基因序列。
在genbank数据库中,输入要查找的基因序列,进行搜索,可以看到具体是什么东西的DNA序列。
基因银行(GenBank)是一个开放获取的串行数据库,对所有公开可利用的核苷酸串行与其翻译的蛋白质进行收集并注释。
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