如何利用数据库查询细胞某基因表达情况

如何利用数据库查询细胞某基因表达情况,第1张

一个良好的开端就是分析感兴趣基因突变和其它异常,ICGC数据门户提供了几条研究路线。输入一个基因名称,NCBI登录号,或者Ensembl基因ID,点击基因报告(Gene Report),就能在突变摘要(Mutation Summary)中找到已发现的突变和拷贝数变化,以及迄今为止,这些突变在肿瘤中出现的频率。COSMICsection就在体细胞突变列表下方,包括了点突变,少量缺失,以及插入突变等方面的数据。

MAF文件格式有两种文件格式: MAF文件格式是用Mutation Annotation格式创建文本文件,用于描述说明设备捕捉到的细胞变化,一般采用的文字格式以制表符相隔的文字格式,用于捕捉癌症研究体细胞突变与单核苷酸多态性的,该格式在普通的读取文件文。


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