奶牛疾病基因数据库有哪些

常见的奶牛疾病基因数据库包括：

1奶牛癌症基因数据库（NCGDB）：这是一个正在不断更新的全球性癌症数据库，它涵盖了从发病机制到疾病管理的所有内容。它包括了癌症患者的基因组学信息，可以帮助医生和研究人员了解癌症患者的细胞表型，提高癌症治疗的效率。

2奶牛疾病蛋白质数据库（BPDB）：这是一个专门用于研究奶牛疾病的蛋白质数据库。它收集了关于奶牛疾病的蛋白质组学信息，包括了结构、功能、表达水平等信息。它可以帮助研究人员了解奶牛疾病的病理机制，从而更好地治疗和预防。

3奶牛疾病基因组数据库（BPGDB）：这是一个专门用于研究奶牛疾病的基因组数据库。它收集了关于奶牛疾病的基因组学信息，包括了基因结构、功能和表达水平等信息。它可以帮助研究人员了解奶牛疾病的机制，从而更好地治疗和预防。

4奶牛疾病RNA组学数据库（BPRDB）：这是一个专门用于研究奶牛疾病的RNA组学数据库。它收集了关于奶牛疾病的RNA组学信息，包括了基因表达水平、转录调控机制等信息。它可以帮助研究人员了解奶牛疾病的病理机制，从而更好地治疗和预防。

总之，主要奶牛疾病基因数据库包括：NCGDB、BPDB、BPGDB和BPRDB。它们提供了丰富的基因组学信息，可以帮助研究人员了解奶牛疾病的机制，从而更好地治疗和预防。

如果知道要找的基因的名字是可以很快的找到要找的序列，在基因名称检索界面输入就好。因为提交NCBI上的基因组都有预测CDS的，上面都标出每个CDS的可能功能及相应蛋白或酶的名字如果不知道基因名字，可以通过做比对来判断，可以尝试一下用BIOEDIT对比。

知道了名字，在搜索框里输入后可以看到相应的搜索结果，然后点击进去，有个“MIM”（在线孟德尔遗传）就可以看到它的功能。

ORF是开放阅读框，指的是mRNA上编码氨基酸的那段序列，从AUG开始，直到终止子，但是不包括终止子。ORF的数据在进入NCBI主页的右下侧一个叫ORFfinder的超链接里，点击进去后输入相应序列的mRNA序列，然后再点击ORF find就可以预测处它的ORF，但是往往会有很多结果，一般来说第一个结果是真实的，其余的都是假阳性的。

fasta格式指的就是一个大于号开头，后面跟上这段序列的描述，然后另起一行就是数列，给你个例子你就知道了，如下，这就是人类USF1 mRNA的fasta格式

>gi|46877100|ref|NM_0071223| Homo sapiens upstream transcription factor 1 (USF1), transcript variant 1, mRNA

AACATGGCCGCGGGCTGGAAGTGCGCATGAGCAGCTGTCTATGGAGATACCTAGGCCGGGAGAGGGAGAA

CACAGTTGGAGAAAATCGGCAGCTGAGACGGCCTTGGCCGGACTTAGCACTCAGGCCTGTGAATCAGGAG

ATACAAAGACCTCCAAAAAAGGACCAGTTCCTCGGATGTGCCCCCTCACAGAGAGATGAAGGGGCAGCAG

AAAACAGCTGAAACGGAAGAGGGGACAGTGCAGATTCAGGAAGGTGCAGTGGCTACTGGGGAAGACCCAA

CCAGTGTGGCTATTGCCAGCATCCAGTCAGCTGCCACCTTCCCTGACCCCAACGTCAAGTACGTCTTCCG

AACTGAGAATGGGGGCCAGGTGATGTACAGGGTGATCCAGGTGTCTGAGGGGCAGCTGGATGGCCAAACT

GAGGGAACTGGCGCCATCAGTGGCTACCCTGCCACTCAATCCATGACCCAGGCGGTGATCCAGGGTGCTT

TCACCAGTGATGATGCAGTTGACACGGAGGGGACAGCTGCTGAGACGCACTATACTTACTTCCCCAGCAC

GGCAGTGGGAGATGGGGCAGGGGGTACCACATCGGGGAGTACAGCTGCTGTTGTTACTACCCAGGGCTCA

GAGGCACTGCTGGGGCAGGCGACCCCTCCTGGCACTGGTCAATTCTTTGTGATGATGTCACCACAAGAAG

TACTGCAGGGAGGAAGCCAGCGCTCAATTGCCCCTAGGACTCACCCTTATTCCCCGAAGTCAGAAGCTCC

CCGGACGACTCGGGATGAGAAACGCAGGGCTCAGCATAATGAAGTGGAGCGTCGCCGCCGAGACAAGATC

AACAACTGGATCGTGCAGCTCTCCAAGATAATCCCAGACTGCTCTATGGAGAGCACCAAGTCTGGCCAGA

GTAAAGGTGGGATTCTATCCAAAGCTTGTGATTATATCCAGGAGCTTCGGCAGAGTAACCACCGCTTGTC

TGAAGAACTGCAGGGACTTGACCAACTGCAGCTGGACAATGACGTGCTTCGACAACAGGTGGAAGATCTT

AAAAACAAGAATCTGCTGCTTCGAGCTCAGTTGCGGCACCACGGATTAGAGGTCGTCATCAAGAATGACA

GCAACTAACTATGGGGATTCAGGGGCTTTGGGCCCAAGAACTGCAGATAGCCCAGGAGCAACAGCCTAAT

CCCGTGCCCCTTTCCTTCACTGCCCCACTTCTGGCATGGGACAGGGGGAAGTTCAGAAGGTGTGTCCTTG

AACTGAGGCCCTGTGATATGGCGGCCTGCAGTGGTGTGAAACACACAATGTGGACGTGCACTGACAGCCT

TGCCCACCCCCACCATGCAGCCCCTGGGCCCTTGTGCTCCTCTCGCACAATGCATGTGCTGTCTCCATGC

TGGATACTGGACACACTAAACTCTGGGGCTTGTCCTGTGCTTGCTTAGAGTGCCCAGCAGAGGTTTGCTG

ACAGGTGATGCTCTGGCTTGCCCCAGGACTCTGGCACTTCCATTGGTTCTTCCTTTCCCTGGAGCTGAGG

TTTAGATGTGCAACCTGTGGCTCAGGGGAGCAAGCTTACACAAGAAGTGAGGGAAGGATGTTTAGCAGTG

GCTGGTGCCCATGAAGAGGAGATTGGCCAGTGAGAAGCTGAGGCCTATGCAGACATCTCTGGAGCCAGAG

AGAACAACAGGCAGGGGCCCACTTGGGGCCTTCCCCCTTGTGGGGGTCGTTTTTTTTTTTTCTTTTCTTT

TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGATAAAATTGTTCAAAGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAAAAA

这就是fasta格式，你可以以TXT的方式保存，也可以以后缀名为fasta的方式保存，然后以文本文件打开就行了，说白了就是个文本文件呵呵。一般情况下这样就可以了，但是如果用blast2go来做GO分类的话，就必须用fasta来保存，否则该软件不识别。详细的在NCBI上都有的，自己可以去看。

由美国Johns Hopkins大学于1990年建立的GDB是重要的人类基因组数据库，由加拿大儿童医院生物信息中心负责管理。

GDB数据库用表格方式给出基因组结构数据，包括基因单位、PCR位点、细胞遗传标记、EST、叠连群(Contig)、重复片段等；并可显示基因组图谱，其中包括细胞遗传图、连锁图、放射杂交图、叠连群图、转录图等；并给出等位基因等基因多态性数据库。此外，GDB数据库还包括了与核酸序列数据库GenBank和EMBL、遗传疾病数据库OMIM、文献摘要数据库MedLine等其它网络信息资源的超文本链接。

GDB数据库是用大型商业软件Sybase数据库管理系统开发的，并用Java语言编写基因图谱显示程序，为用户提供了很好的界面，缺点是传输速度受到一定限制。

GDB数据库是国际合作的成果，其宗旨是为从事基因组研究的生物学家和医护人员提供人类基因组信息资源。其数据来自于世界各国基因组研究的成果，经过注册的用户可以直接向GDB数据库中添加和编辑数据。

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