基因在每个pathway中的富集程度是怎么统计的

1.Pathway功能析及显著性判断差异表达基进行Pathway功能析并计算Pvalue进行显著性判断Pvalue越表明该pathway变化越显著并每条Pathway通路图进行展示同相应位置标注差异表达基2.Pathway基相关性析根据每两基共现同pathway数统计绘制基共相关点线图进同pathway基关联情况析工具点击celldifferentiationTermInformation描述细胞化术语基本信息包括树形及与父结点、节点关系于未知基名序列用序列直接检索GO数据库点击AmiGO首页BLAST进入检索界面检索框输入氨基酸或核酸序列或传序列文件检索工具能自识别并相应选择BLASTP或BLASTX与数据库序列进行比肠杆菌DNA聚合酶Ⅱ基polB例HighScoringGeneProducts栏内显示基产物名称、物种信息、p值

Pathway功能分析及显著性判断

对差异表达基因进行Pathway功能分析，并计算Pvalue进行显著性判断，Pvalue越小，表明该pathway变化越显著，并可对每条Pathway通路图进行展示，同时在相应的位置标注差异表达基因。

2. Pathway中基因相关性分析

根据每两个基因共出现在同一pathway中的次数统计，绘制基因共相关点线图，进而得到不同pathway上基因的关联情况。在分析工具上点击“cell differentiation”，在“Term Information”中描述了细胞分化术语的基本信息，包括树形及与父结点、子节点关系。

对于未知基因名的序列，可以用序列直接检索GO数据库。点击AmiGO首页上方的“BLAST”，进入检索界面。在检索框输入氨基酸或核酸序列或上传序列文件，检索工具能自动识别并相应地选择BLASTP或BLASTX来与数据库中的序列进行比对。以大肠杆菌DNA聚合酶Ⅱ基因polB为例，“High Scoring Gene Products”栏内显示基因产物的名称、物种信息、p值。

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